Si l'on s'éloigne quelque peu de la conception classique du terme aromathérapie, les extraits aromatiques de plantes sont très étudiés en pharmacognosie moderne. La recherche de nouvelles molécules thérapeutiques, la synthèse de molécules existantes, ou la limitation des effets secondaires font que l'on retrouve de nombreuses molécules aromatiques dans les médicaments. La découverte du paclitaxel (Taxol) extrait de l'écorce de l'if en est un bon exemple. Il est devenu un des médicaments de base dans le traitement du cancer du sein.
À ce jour, plusieurs études médicales concernant les huiles essentielles ont été publiées, et leurs conclusions sont très variables. Plusieurs domaines d'application ont été étudiés: propriétés antiseptiques, antinauséeuses, amélioration du confort du patient, etc..
Si l'utilisation anti-bactérienne des huiles essentielles est reconnue, les controverses portent surtout sur leurs indications thérapeutiques, leur efficacité et sur les méthodes d'administration.
Utilisée dans une approche holistique, l'aromathérapie en partage les controverses.
Par rapport à d'autres médecines naturelles, le fait que ses constituants de base puissent provoquer des troubles graves, pose le problème de la formation des prescripteurs.