Les vertus entomotoxiques de Bacillus thuringiensis ont été à l'origine d'un intérêt agricole, sylvicole et commercial dès les années 1930, mais beaucoup plus marqué à la fin du XXe siècle, notamment avec le développement du génie génétique et de l'agriculture biologique.
Les premières applications de Bacillus thuringiensis dans l'environnement datent de 1933.
Il a été utilisé dès les années 1950 dans les forêts, les champs et les vignobles.
Jusqu'au milieu des années 1970, sa principale application était la lutte contre les lépidoptères défoliateurs dans les forêts et certains papillons parasites des grandes cultures, de maïs notamment.
En 1976, la découverte des sérotypes israelensis (Bti) et tenebrionis a permis l'ouverture de nouveaux marchés, grâce à une action larvicide sur les moustiques, les simulies et les coléoptères.
Aujourd'hui la bactérie Bacillus thuringiensis est l'insecticide le plus utilisé au monde en agriculture biologique.