La basilique actuelle, dédiée à la Vierge Marie, est érigée à partir du VIe siècle à la demande de l'évêque Euphrasius. Elle s'élève à l'emplacement de l'ancien sanctuaire, préalablement détruit, et dont une partie des pierres a servi à la construction de la nouvelle basilique.
Dans le même temps, des blocs de marbre issus de carrières situées dans la région de la mer de Marmara sont importés et incorporés à l'édifice.
Alors que la réalisation des mosaïques ornant les murs de l'abside (où l'évêque Euphrasius apparaît aux côtés de Saint Maur de Parentium) est confiée à de grands artistes byzantins, le pavage est l'œuvre d'artistes locaux. Entrepris en 553, le chantier se poursuit dix ans durant.
La basilique fait partie d'un complexe épiscopal comprenant un baptistère octogonal (VIe siècle), un campanile datant du XVIe siècle, un atrium bordé de colonnades où plusieurs tombes ont été retrouvées, l'ensemble étant dominé par le palais épiscopal, contemporain de la basilique (VIe siècle).
L'abside est précédée d'une nef bordée de bas-côtés. 18 colonnes en marbre surmontées de chapiteaux (ornés de motifs animaliers ou végétaux et reprenant chacun le monogramme de l'évêque Euphrasius) séparent le vaisseau principal des vaisseaux latéraux.
L'abside seule possède des voûtes en pierre (voûte en cul de four), le reste de l'édifice étant entièrement charpenté.
Le sanctuaire abrite également un trésor comprenant des objets d'époque paléochrétienne, byzantine et médiévale. Une chapelle votive attenante à la sacristie abrite les reliques de Saint Maur (sv. Mavro) et de Saint Éleuthère.