Déclassé puis aliéné à partir de 1955, le canal a été vendu pour un franc symbolique du kilomètre aux communes riveraines qui en ont fait ce que bon leur semblait alors. Certaines l'ont conservé totalement ou partiellement en eau, d'autres l'ont abandonné aux broussailles, d'autres enfin l'ont bouché, ont construit dessus. Ce "saucissonage" rend sa réhabilitation difficile actuellement, alors qu'il serait une pièce maîtresse du tourisme fluvial en France, malgré et même peut-être grâce à son gabarit si particulier qui lui confère un charme unique.
Ces difficultés n'arrêtent pas la dynamique Association pour la Réouverture du Canal de Berry (ARECABE) qui œuvre depuis 1996 pour cette réouverture progressive. Déjà, une portion de 12 km avec 5 écluses de Selles-sur-Cher à Noyers-sur-Cher fonctionne à nouveau depuis les années 1990 (donc prolongée vers Tours par le Cher canalisé), et une autre de 3 km avec 2 écluses fonctionne à Vierzon. Et en plusieurs endroits des ponts-levis ont été réhabilités, facilitant la navigation de petits bateaux électriques loués à l'heure ou à la demi-journée.