Lignes 7, 9
En janvier 1999, le Sernam, encore filiale de la SNCF, entreprend dans une phase de modernisation, la destruction de ses anciens hangars à marchandises situés en bords de voie, non loin de la cité des Coutures. A la place laissée par les bâtiments, reconfigurés dans la zone industrielle Nord, un grand parking est aménagé.
Avec l'ouverture du CIEL, les comités en place pendant la phase de projet et de réalisation sont maintenus. Le comité de pilotage se donne comme mission de suivre et évaluer le fonctionnement du centre intermodal. Le comité technique, lui, piloté par le conseil général et la SNCF, élargi aux exploitants, s'attache à la gestion et la résolution des problèmes fonctionnels.