Une commanderie est un établissement foncier appartenant à un ordre religieux et militaire au Moyen Âge. Placée sous la responsabilité d'un commandeur, c'était le lieu de vie d'une communauté de frères, de chevaliers et d'affiliés. Elle se trouvait au centre d'un domaine foncier sur lequel étaient bâties des fermes appelées maisons (domus). Bien qu'étant le plus souvent rurales et situées sur des terres de rapport, les commanderies pouvaient aussi être urbaines et même portuaires, lorsque les chevaliers obtenaient le monopole ou bien des privilèges de commerce, ou de transport de pèlerins. Dans les terres de combat, les commanderies étaient des forteresses ou des commanderies rurales fortifiées.
« Commanderie » est le terme français exact pour désigner la base de l'organisation territoriale des ordres religieux et militaires. Le mot commanderie a été utilisé par les Hospitaliers de Saint-Jean de Jérusalem depuis la réforme de l'Ordre en 1267. Les historiens ont conservé cette appellation de préférence à « préceptorie » pour désigner tous ces établissements ayant appartenu à des ordres militaires. Il n'y a pas lieu de faire des différences entre ces deux dénominations.
« Préceptorie » est la francisation erronée du latin « Praeceptoria », tout comme « praeceptor » ou précepteur désignait le commandeur de la maison.
Le terme de commanderie ne désigne pas uniquement une maison mais au contraire une circonscription territoriale constituée d'une maison-mère et de plusieurs maisons et terrains. Sur les terres de rapport (dit aussi l'arrière) ces domaines étaient une source de financement pour les activités militaires, par opposition, terres de combat (dit aussi l'avant) comme la Terre sainte. Il s'agissait de grosses fermes, parfois fortifiées en terres de combat, qui comprenaient une chapelle, et tous les bâtiments nécessaires à la vie de ses habitants (logements, réfectoire, écuries, salle de chapitre, etc.).
Les commanderies servaient à la fois à rapporter de l'argent, grâce aux dîmes et autres taxes qu'elles percevaient, mais aussi à assurer la fourniture de biens alimentaires et de chevaux nécessaires à la réussite des expéditions en Terre Sainte. En Occident, les commanderies jouaient un rôle économique non négligeable sur le marché des denrées alimentaires (à l'échelle de leur région, bien entendu), par la vente des surplus. Les commanderies ont aussi permis la valorisation du territoire, par les travaux de déforestation ou d'assèchement de marais ou de création d'étangs de pisciculture. Chaque commanderie était spécialisée dans un type de production. La famille, des paysans, libres ou serfs, travaillaient ainsi pour le compte de l'ordre, et de nombreux artisans pouvaient être salariés par la commanderie.
L'origine des commanderies est à rechercher dans le don fait en 1099 par Godefroy de Bouillon aux Hospitaliers de l'ordre de Saint-Jean de Jérusalem en remerciements pour services rendus. Godefroy offre aux « moines noirs » de frère Gérard le casal (village fortifié) de Hessilia en Palestine et son fief de Montboon en Brabant ainsi que deux fours banaux. Cette habitude de donation aux ordres militaires va permettre à ceux-ci de développer d'importants empires territoriaux en Europe accompagnés de l'émergence de véritables pouvoirs comme pour les Hospitaliers, les Templiers et les Teutoniques.