Une petite église existait à Benquet dans l'actuel quartier de la Chine du nom de Saint-Pé-d'Alis. De nos jours, il n'en reste pratiquement plus aucune trace, mais une parcelle de terre cultivée porte encore le nom de Sent Pe, signifiant Saint Pierre en gascon.
Jusqu'en 1677, cette petite paroisse est desservie alternativement avec Saint-Jean-Baptiste. Mais cette année-là, il est décidé de la réunir à celle de Benquet. Les habitants sont en effet à moins de 2 km de l'église principale, par le chemin aujourd'hui disparu menant à Hourcariou.
Comme ils sont devenus peu nombreux, ils n'ont plus les moyens d'assumer la charge financière d'un édifice religieux en propre. Toutefois, il leur est toujours possible de choisir les sépultures dans le cimetière entourant l'église désaffectée. Le petit cimetière n'est finalement utilisé que pendant deux générations après l'arrêt du culte. On apprend en effet qu'il est entièrement abandonné un demi siècle plus tard. On relève qu'en 1750, il est devenu comme une petite forêt, couvert d'arbustes et de chênes de vingt ans.
À l'époque de l'arrêt du culte à Saint-Pé-d'Alis, il est à signaler que ses habitants appartenaient au même taillable (cellule fiscale de la taille, impôt levé sur les roturiers sous l'Ancien Régime) que ceux de Benquet et que la sortie de la messe à Saint-Jean-Baptiste deviendra l'occasion de discuter avec les fidèles du bourg de leurs préoccupations communes.
En 1757, des matériaux de l'ancienne église Saint-Pé-d’Alis sont récupérés pour la construction d'un collatéral adjoint à la première église Saint-Jean-Baptiste. Une statue de saint Pierre perpétue depuis 1894 le souvenir de la chapelle disparue.