Comme son nom l’indique, la FEUQ fonctionne selon un modèle fédératif, c’est-à-dire que ses positions sont le fruit de la concertation de ses membres. Les décisions de la Fédération se prennent selon le principe de la double majorité : en commissions, chaque association possède une voix, ce qui permet à tous de se faire entendre. En congrès, les propositions débattues (qui émanent des commissions) sont adoptées selon un mode semi-proportionnel. De plus, un consensus du 2/3 des voix représente la norme pour l’adoption d’une orientation, d’un document, etc. L’objectif de la Fédération par ce règlement, est d’être aussi respectueuse et représentative que possible.
l'AGA est la plus importante instance de la Fédération étudiante universitaire du Québec puisqu’elle met un terme à l’année en cours et prépare la prochaine. C’est à l’assemblée générale que sont déterminées les grandes orientations de la Fédération pour le prochain mandat. L’AGA est également l’instance où les associations étudiantes votent pour la composition du Comité exécutif de l’année suivante.
Le comité exécutif est composé d’un président, vice-président aux affaires universitaires, vice-président aux affaires institutionnelles, vice-président aux affaires sociopolitiques, président du CNCS, coordonnateur aux affaires internes et aux communications, coordonnateur aux affaires internationales et fédérales et d’un coordonnateur aux affaires régionales. Le rôle de l’exécutif est d’assurer le fonctionnement au quotidien de la Fédération, ainsi que le suivi des dossiers, en plus de préparer les congrès de concert avec les associations hôtes. Ce travail ce fait dans le respect de la souveraineté locale des associations membres. Par ailleurs, les officiers sont aidés dans leurs tâches quotidiennes par plusieurs employés.
Entre les assemblées générales, le congrès de la FEUQ se réunit au moins quatre fois par année, et c’est en cette instance que se prennent toutes les décisions, qu’elles soient d’ordre politique, financier, philosophique, académique ou fonctionnel, selon le mode proportionnel. Au besoin, un congrès général spécial peut être convoqué pour traiter des dossiers qui ne peuvent attendre. Aucune décision n’est adoptée sans l’approbation du deux tiers des voix; néanmoins, le consensus est valorisé et les débats se poursuivent souvent pendant de longues heures pour y parvenir.
Toutefois, si le congrès prend les décisions finales en séance plénière, les propositions sont toujours débattues au préalable en commissions. Les commissions sont regroupées par thème et ne se chevauchent que rarement dans le temps afin de permettre aux représentants étudiants élus d’assister au plus grand nombre de réunions possibles. Seules les propositions émanant des commissions peuvent être soumises pour débat et vote en séance plénière (congrès).
La commission des affaires universitaires (CAU) traite des dossiers relatifs à l’étudiant dans sa réalité académique universitaire, tel que : les frais de scolarité, la qualité de l’enseignement, l’accessibilité aux études, la formation, etc.
La commission des affaires sociopolitiques (CASP) traite des dossiers relatifs à l’étudiant dans sa réalité de citoyen, tel que : la politique jeunesse du gouvernement, l’aide financière aux études, les affaires fédérales et internationales, l’environnement, etc.
La commission des affaires institutionnelles (CAI) traite des dossiers liés à la dynamique interne et au fonctionnement organisationnel de la Fédération, tel que les finances, les communications, les lois sur les associations étudiantes, etc.
Enfin, le Conseil national des cycles supérieurs de la Fédération étudiante universitaire du Québec (CNCS-FEUQ) regroupe toutes les associations composées d’étudiants des deuxième et troisième cycles universitaires (12 associations membres regroupant plus de 25 000 étudiants). Le CNCS-FEUQ traite de la recherche subventionnée, du statut des étudiants-chercheurs, de certains dossiers internes ainsi que de quelques questions à saveur sociale comme la conciliation études-famille et le celui de la santé et sécurité des étudiants universitaires. Bien qu’ayant un statut de conseil autonome, la mission du CNCS est inclusive à celle de la FEUQ.
En dernier lieu, le conseil d’administration de la Fédération entérine toutes les décisions prises par le congrès. Son mandat est de conférer aux membres la responsabilité des actions de l’organisation et de veiller à la pérennité de la FEUQ. Composé d’un représentant (nommé) de chaque association membre, le conseil d’administration se réunit au terme de chaque congrès pour entériner les décisions qui s’y sont faites. Le conseil d’administration est aussi l’organe qui approuve les dépenses effectuées à même le fonds de campagne.