À l'aube du XXe siècle, le fort fut utilisé pour héberger les bôeres lors de leur retour de la colonie portugaise du Mozambique après la victoire des anglais en Afrique du Sud. Pendant la Première Guerre mondiale (1914-1918), des allemands y furent incarcérés et il finit par être transformé en prison politique de haute sécurité de 1930 à 1974 durant l'État Nouveau portugais.
Le 3 janvier 1960, il y eut une spectaculaire évasion du Fort de Peniche, menée à bien par Álvaro Cunhal, Joaquim Gomes, Carlos Costa, Jaime Serra, Francisco Miguel, José Carlos, Guillerme Carvalho, Pedro Retentir, Rogério de Carvalho et Francisco Martins Rodrigues.
Le 25 avril 1974, lors de la Révolution des œillets, il a été un des points-clés utilisés par les révolutionnaires en servant d'abri aux terroristes des ex territoires d'outre-mer portugais d'Afrique lors du processus de décolonisation.
À partir de 1984 il fut transformé en musée municipal afin d'y exposer des pièces archéologiques, historiques et ethnographique sans se préoccuper des revendications d'un noyau de résistants qui auraient souhaité la reconstruction d'une prison politique d'état.
Le Fort de la Consolação se trouve actuellement abandonné et dans un état précaire de conservation. Son état est devenu particulièrement préoccupant car l'érosion marine va achever sa destruction.
En 2006, les dépendances de la forteresse ont servi de décors à la mise en scène d'une reconstitution historique du "débarquement anglais" de 1589 sur cette place forte à la demande des amis de Peniche.