La fougère aigle a reçu de nombreux autres noms scientifiques, désormais non valides: Pteris aquilina, Asplenium aquilinum, Allosorus aquilinus, Ornithopteris aquilina, Filix aquilina, Filix-foemina aquilina, Pteris latiuscula.
La fougère aigle possède deux sous-espèces, présentant chacune plusieurs variétés :