La Fougère-aigle est une plante héliophile qui se développe dans les forêts traitées en coupe à blanc ou trop fortement éclaircies. Sa limitation commence par un bon dosage de l'éclairement des sols forestiers. Une étude est actuellement en cours pour proposer différents moyens de limiter l'extension de la fougère et de lui substituer d'autres plantes ligneuses au grand bénéfice de la faune et de la sylviculture.
Pour être efficace, une éradication par la fauche doit comprendre au moins deux fauches à des dates choisies en fonction du cycle biologique de la plante afin d'affaiblir le plus possible le rhizome. Il a été montré que deux fauches, une fin juin et une fin juillet permettent une diminution progressive de l'importance des fougères. D'inspiration anglaise, la technique du rouleau brise fougère tiré par des bêtes de trait se montre très efficace sur terrain étriqué ou non mécanisable.
Une fauche rase n'est pas indispensable et est même à éviter sur certains types de végétation sensibles comme par exemple les landes mésophiles. Les effets de la fauche ne sont réellement visibles qu'après deux ou trois années de traitement.
Le chaulage permet également de limiter cette espèce des terrains très acides.
La fougère, en particulier la fougère aigle (Pteridium aquilinum) commune dans les landes et forêts françaises, peut être utilisée en jardinage biologique. On la récolte de préférence sèche ou jaunissante, à l'automne. À cette époque de l'année, sa vocation première est de servir de protection contre le gel à toutes les plantes sensibles: mâches, chicorée sauvage, scarole, artichaut...
Quand vient le printemps, la fougère se transforme en matériau idéal pour la couverture du sol. C'est dans les fraisiers qu'elle donne le meilleur d'elle-même grâce a son action allélopathique antifongique contre la pourriture grise. Mais on peut également l'utiliser pour pailler toutes sortes de cultures dès lors que le sol s'est réchauffé, en guise d'assurances anti-sécheresse et anti mauvaises herbes.
En paillage frais ou sec de 5 cm d'épaisseur environ, elle attire mais empoisonne les limaces car elle contient un aldéhyde se transformant en métaldéhyde après fermentation. Le purin de fougère peut également être utilisé à cet effet et il serait encore plus efficace si l’on ajoute quelques marrons d’Inde écrasés lors de la fabrication.
Le purin de fougère est également un insecticide puissant qui permet de détruire le puceron lanigère (que la plupart des insecticides chimiques n’arrivent pas à contrôler). Il serait également efficace contre le taupin de la pomme de terre et la cicadelle de la vigne. Utiliser en pulvérisation dilué à 10 % (laisser fermenter 1 dose de fougère dans 10 doses d'eau puis diluer le résultat de la fermentation dans 10 fois son volume d'eau et pulvériser). C’est un des rares insecticides naturels à utiliser en « curatif ».
La fougère aigle pousse dans les sols acides mais elle n'acidifie pas le sol: c'est une plante améliorante qui contient de grandes quantités de chaux, remède naturel contre l'acidité. Mieux elle constitue un véritable engrais vert, 7 fois plus riche en azote, 3 fois plus riche en phosphore et 5 fois plus riche en potasse que le fumier de vache ! Il est donc souhaitable de l'incorporer au sol après qu'elle a servi de "mulch". Elle favoriserait le développement d'un important chevelu racinaire.
Dans l'Ouest des Pyrénées, l'agriculture traditionnelle en tire encore profit. Fauchée fin juin, à demi séchée et très lentement brûlée dans une fosse deux fois plus profonde que large (pour éviter les flammes, les agriculteurs recouvrent sans cesse le foyer de nouveaux combustibles), elle donne une cendre très riche en potasse.
La fougère mâle (Dryopteris filix-mas) aurait des propriété proches de la fougère aigle, sauf les actions antifongiques.
En présence de chrome, le rhizome de la fougère aigle teint la laine en jaune. Les crosses, quant à elles, teignent la laine en jaune-verdâtre avec de l'alun ou du chrome. Elles teignent la soie en gris avec du sulfate de fer.
A noter qu'autrefois, le rhizome était aussi utilisé pour tanner le cuir, et la cendre issue de la combustion de cette plante, riche en potasse, permettait de fabriquer du savon et servait d'agent blanchissant.
La cendre fut aussi utilisée dans la fabrication de verre jusqu'au 19e siècle.
La Fougère aigle a été utilisée pour couvrir les toits en guise de chaume, mais aussi comme combustible.
En raison de la grande propagation de la fougère aigle, on a consommé son rhizome dans de nombreuses parties du monde. Son épaisseur et sa teneur en amidon sont variables. Elles dépendent de son biotope.
Il est généralement considéré comme toxique cru, et il faut donc le faire cuire. Par exemple, il peut être coupé en morceau et bouilli. Une fois moulu on obtient une purée, une fois séchée, une farine. En Europe, cette préparation a souvent été mêlée à de la farine de céréale pour faire du pain. Jusqu'au XIXe siècle, le pain de fougère aigle formait parfois la base de l'alimentation en cas de disette. Cette récolte sauvage est aujourd'hui laissé en désuétude. A Palma, on consommait ce mélange de rhizome moulu et de farine en bouillies. En Sibérie, on mettait à fermenter ces rhizomes avec les 2/3 de leur poids en malt pour en faire une sorte de bière. Au Japon, on en extrayait la fécule par un long procédé qui servait à confectionner des mochis, gâteaux cuits à la vapeur. Enfin, les indiens d'Amérique du Nord faisaient cuire ce rhizome pendant des heures dans leur four souterrain. Ils en mangeaient la partie comestible et recrachaient les fibres.
Que ce soit en Europe, en Asie ou en Amérique, on a utilisé les jeunes pousses de fougères. D'après F. Couplan, « il faut prendre soin de les choisir avant que les crosses terminales aient commencé à se dérouler et de ne cueillir que le sommet de la jeune-pousse qui doit se casser entre les doigts ». En effet, les crosses développées ainsi que les frondes matures semble être toxiques. Elles sont mucilagineuse, on peut donc s'en servir pour épaissir des préparations telles les soupes. Au Japon, elles sont fréquemment utilisées comme légumes ou conservées au sel, à la lie de saké (vin de riz) ou au miso de riz (pâte de riz ou de sel fermenté). Leurs principes indésirables sont alors éliminés en faisant bouillir les crosses dans de l'eau à laquelle on a ajouté des cendres de bois (il semble que ce soient les conditions alcalines qui procèdent à cette élimination. Après avoir macéré vingt-quatre heure, les crosses peuvent être utilisées comme sus-mentionné ou cuite à la vapeur ou même consommées crues. Elles sont alors croquantes.
Les Amérindiens consommaient le rhizome cru de cette fougère pour lutter contre la bronchite. La poudre de ce même rhizome a longtemps été considéré comme souverain contre les parasites intestinaux.
Guère usitée comme plante médicinale dans la majeure partie de l'Europe, elle est néanmoins réputée aux Baléares comme dépurative et antipléthorique. La fougère aigle a souvent servi à remplir les paillasses ; on la jugeait capable d'interrompre l'énurésie des enfants. Selon P. Lieutaghi, « c'est une plante toxique susceptible d'entraîner des troubles nerveux, des hémorragies intestinales et d'induire des tumeurs cancéreuses ». Un usage médicinal domestique est donc à bannir, il est réservé aux professionnels.