La Fougère aigle se développe dans des stations en pleine lumière ou semi-ombragées, souvent sur des sols pierreux ou sableux et toujours acide et assez profond. Elle est indifférente à l'humidité du sol. En France, sa préférence pour les hivers doux, explique sa grande répartition sur le domaine atlantique. Néanmoins, elle est cosmopolite et on la trouve dans de nombreuses régions du monde et sous de nombreux climats, sauf dans les zones désertiques chaudes ou froides. Elle se développe depuis le niveau de la mer jusqu'à 2000 m d'altitude, des étages collinéens à montagnards et supraméditerranéens. Il semble qu'il existe différents écotypes. Ainsi, on retrouve Pteridium aquilinum à la fois sur des sols carbonatés et sur d'autres décarbonatés. Pteridium aquilinum indique des sols acides pauvres ou riches en bases et engorgés en matière organique végétale. Elle indique également une carence en matière organique animale et en azote. Une prairie agricole contenant cette plante de manière significative évolue vers la lande. Les peuplements de fougère aigle sont souvent nommés « ptéridaies ».
Dans les climax, on retrouve ces peuplements en forêt claire et acides en particulier les chênaies sessiles et rouges (Quercetalia robori-petrae), les hêtraies-chênaies (Lonicero-Carpinenion) et les hêtraies (Luzulo-Fagion) ainsi que les forêts denses montagnardes de Pin noir (Galio-Pinetum luzuletosum) et les forêts de Pin maritime et de Chêne liège aquitaniennes (Pino pinastri-Quercetum suberis). Lorsque la Fougère aigle y est dominante, elle forme des nappes hautes et étendues (forêts claires ou dégradées appauvries) créant une atmosphère sombre. A ceci s'ajoutent ses propriétés allélopathiques qui bloquent la levée de dormance des graines du sol. En conséquence, seules les espèces printanières subsistent (Muguet, Scille à deux feuilles et parfois le Maïanthème).
Les clairières et coupes de ces forêts (Epilobietea angustifolii, Sambuco racemosae, Salicion caprae) sont également des biotopes de choix pour cette fougère.
Dans les landes des régions atlantiques et sub-atlantiques de l'Europe continentale plus ou moins humides à Callune (Callunion vulgaris) et à Bruyère cendrée (Ericion cinerae), mais également celles à Genista pilosa (Genistion pilosae), Genêt à balais (Cytisus scoparius), à Myrtille (Vaccinion myrtilli) et Myrtille des marais (Vaccinion uliginosi), la fougère aigle s'installe afin de préparer la reconstitution de chênaies acidophiles (Quercion).
On retrouve également cette fougère dans des zones plus ou moins anthropisées telles que les fruticées supra-méditerranéennes à Prunellier noir et à Ronces (Pruno-Rubenion fruticosi). En effet, ces biotopes sont typiques des parcelles agricoles sous-exploitées, voire abandonnées du sud montagneux de la France. Dans ces alliances (Epilobietea angustifolii, Sarothamnion scoparii et Cytision oromediterraneo-scoparii), la Fougère aigle sera toujours sur sol acide et moyennement frais et est particulière aux sols pauvres en matière organique animale. Le genêt à balais sera, quant à lui, propre à des zones plus riches et récemment labourées ou brûlées. Enfin, les ronces se développeront sur des sols riches en éléments nutritifs.
Certains murs et rochers humides même calcaires (Cystopteridion fragilis) peuvent accueillir un développement fugace de cette fougère, elle n'y survit que quelques années. D'autres lieux anthropisés peuvent également accueillir la fougère aigle, il s'agit souvent de chemins, de talus ou encore de terrains vagues et de friches, zones anthropisées des peuplements sus-mentionnés.
D'après Y. Dumas durant les deux derniers siècles, la fougère aigle « a vraisemblablement été favorisée par l'abandon de sa récolte, la plantation de Pin en plaine et la désertification de zones rurales ». Bénéficiant de sa capacité à se développer dans des conditions de luminosité faible, d'un réseau de rhizomes envahissant les ouvertures de peuplement, de ses propriétés allélopathiques, et de sa toxicité envers les animaux, elle colonise de nouveaux espaces.
En foresterie, cette extension doit être limitée car elle présente bien des inconvénients. En effet, elle envahit complètement les jeunes plantations, il est alors nécessaire d'effectuer le dégagement fréquent des jeunes plants. De même, elle rend la circulation très difficile dans les peuplements en été, ce qui gêne la gestion sylvicole.
Le gibier (lapin, lièvre, chevreuil) ne s'en nourrit pas ou se rabat sur les jeunes plants ; les couverts sont monotones et peu d'oiseaux en tirent parti. Il n 'y a guère que la faune du sol (Arthropodes, Micromammifères) qui puisse abonder dans ces conditions. Son caractère exclusif empêche l'apparition de buissons que bien des animaux (oiseaux, chevreuils) pourraient mettre à profit comme abri et comme source de nourriture.