La côte nord est longée par le Guban, une plaine semi-désertique dont la largeur varie de 2 à 20 km. Pendant les pluies, les oueds se changent en rivières et la végétation, composée surtout de buissons, se renouvelle rapidement, fournissant pour un temps une nourriture aux troupeaux des nomades. La frange sud du Guban se heurte aux falaises du Karkaar, qui s’étirent de la frontière de l’Éthiopie jusqu’à la pointe de la corne de l’Afrique. L’altitude de la crête est de 1 800 mètres en moyenne, 2 100 mètres près de Caseyr à l’est. Le point culminant de la Somalie, le Shimbiris (2 407 m) est situé près de la ville d’Erigavo.
Au sud du Karkaar se trouve un haut plateau parsemé de collines et de montagnes, les monts Ogo. Son centre constitue la plaine du Mudug. L’ouest de l’Ogo est traversé de nombreuses vallées étroites et sèches, qui recueillent les eaux à la saison des pluies. Les précipitations y sont plus abondantes qu’elles ne le sont à l’est et les terres sont cultivables. La population y est semi-sédentaire et n’est nomade que pendant les pluies. L’extrême sud-ouest, le Haud, abrite certains des meilleurs pâturages, malgré l’absence de précipitations pendant la majeure partie de l’année. Le relief du Haud comporte des dépressions naturelles qui forment des lacs à la saison des pluies. Une partie du Haud se situe en Éthiopie et fit l’objet, pendant la colonisation, d’un accord permettant aux nomades de Somalie britannique d’y faire paître leurs troupeaux. Une fois indépendante, la Somalie réclama la souveraineté sur cette région, ce qui fut à l’origine de plusieurs conflits.
Le sud de la Somalie est traversé par ses deux seuls fleuves permanents, le Jubba et le Shabele, qui prennent leur source dans les hauts plateaux éthiopiens. L’altitude y est beaucoup plus basse, 180 mètres en moyenne. Le Jubba se jette dans l’océan Indien à Kismaayo. Le tracé du Shabele a probablement changé depuis la préhistoire. Alors qu’il longe actuellement la côte après Balcad, on pense que son embouchure se trouvait auparavant vers Merca. Au-delà de Mogadiscio, le Shabele n’est plus permanent et forme des zones marécageuses ou sèches avant de se perdre dans les sables à l’est de Jilib, près du Jubba. Pendant les pluies, le Shabele remplit à nouveau son lit et peut même traverser le Jubba loin au sud. La région est propice à l’agriculture grâce à des pluies relativement abondantes et des terres de bonne qualité. Elle abrite la majorité de la population sédentaire.
Au nord et au centre, où les précipitations sont peu abondantes, la végétation est surtout constituée d’arbres bas comme les acacias, ainsi que d’herbes éparses. Au nord-est et le long du golfe d’Aden, les acacias laissent la place aux buissons secs. La végétation se densifie au fur et à mesure que les précipitations augmentent. Les aloes sont fréquents et le haut plateau de l’Ogo abrite des forêts. Au nord-est de l’Ogo, plus aride, on trouve des Boswellia et des Commiphora, qui fournissent respectivement l’encens et la myrrhe, pour lesquels la Somalie est connue depuis l’Antiquité au moins.
Le Haud est couvert de forêts éparses d’acacias et d’herbes particulièrement appréciées des troupeaux. L’aridité augmente lorsque le Haud rejoint la plaine du Mudug et la végétation prend un caractère subdésertique. Plus au sud, des forêts éparses et des prairies apparaissent lorsque les précipitations se font plus abondantes.
La région entourant le Jubba et le Shabele est relativement bien irriguée et fournit au pays ses terres les plus aisément cultivables. La plaine entre les deux fleuves est couverte de riches pâturages, de savane et de forêt. À l’extrême sud-ouest, près de la frontière kényane, on trouve quelques forêts vertes toute l’année.
À partir de 150 km au nord-est de Mogadiscio et jusqu’à Kismaayo, la côte est désertique, couverte de dunes avec des herbes éparses si les précipitations sont suffisantes. Les pâturages intensifs ont détruit la végétation protectrice et les dunes progressent vers l’intérieur des terres. Depuis le début des années 1970, on s’efforce de reconstituer une couche de végétation pour freiner l’avancement du désert.
On trouve quelques mangroves au sud de Kismaayo en direction de la frontière kényane ainsi que près de Mogadiscio.