Les œuvres d'Egan reposent presque toujours sur des connaissances en physique, en biologie et en informatique. Il s'inspire ainsi de théories scientifiques complexes, comme l'étalement quantique (Isolation), les machines autoréplicantes de Von Neumann (La Cité des permutants), la théorie de la grande unification (L'Énigme de l'univers) ou la théorie de l'évolution (Téranésie), dont il se sert à la fois comme base romanesque et comme trame de spéculations philosophiques.