L'Empire romain d'orient (dit "Empire byzantin") cède l'île aux marchands italiens de Gênes en 1315. Ceux-ci y rénovent le fanal en utilisant les pierres des ruines de l'ancien temple d'Achille. L'île a aussi appartenu à la Moldavie de 1360 à 1484. C'était une escale et un amer de la flotte moldave basée à Cetatea Albă. Le voïvode moldave Étienne le Grand la cède aux Turcs qui l'appellent Yilan Adası, ce qui est une traduction d'Ophidonisi. Le fanal à son tour tombe en ruine ainsi que la citerne: l'île n'a plus d'eau douce.
Selon Pindare, dans ses Néméennes et Euripide dans son Andromaque, l'Île des Serpents aurait été le « brillant paradis d'Achille » qui aurait, après sa mort à Troie, passé dans cette « île blanche du Pont-Euxin » son après-vie pleine de bagarres, de festins et d'amours.