Elle est spécialisée dans le traitement des combustibles nucléaires civils usés ainsi que des programmes japonais d’enrichissement de l'uranium (activité très variable, allant de 29 tonnes d'UA en 1993 jusqu'à un pic de 197 t. en 2003), d’entreposage et de stockage des déchets radioactifs, et de fabrication de combustible MOX (autorisation accordée en avril 2005 pour une usine dans le village d'Aomori) (Préfecture d'Aomori) dans le nord de l'île d'Honshū.
Dans le village de Rokkasho (en) (préfecture d'Aomori), JNFL conduit depuis 2002 les essais pour la mise en service prochaine de son usine de traitement du combustible nucléaire usé japonais (六ヶ所村核燃料再処理施設, Rokkasho Kakunenryō Saishori Shisetsu) dont la construction a commencé le 28 avril 1993. Inspirée de l'usine de l'usine de retraitement de la Hague et construite en partenariat entre le groupe nucléaire français Areva, Il y met en œuvre les technologies de traitement parmi les plus avancées dans des ateliers soumis aux contrôles de l’Agence internationale de l'énergie atomique.
Après de multiples retards et un cout de 20 milliards de dollars américains, le triple du budget annoncé au début du projet, l'usine devrait entrer en service en octobre 2010. Il est prévu qu'une usine spécifique de fabrication de MOX doit être construite à proximité par la JNFL..
Le site de 70 hectares sert actuellement au stockage de produits radioactifs.