Masson a édité un grand nombre d’ouvrages, dont ceux de Cicéron (Paris, 1570), Saint Fulbert de Chartres (Paris, 1585) et Loup de Ferrières (Paris, 1588), pour lequel il emprunte ses sources à l'érudit Pierre Daniel ; il a écrit lui même beaucoup de travaux parmi lesquels on peut citer D’honesta corporis animíque exercitatione Declamatio (Paris, 1569) ; un livre qui célèbre le mariage de Charles IX et Élisabeth d’Autriche (Paris, 1570) ; une Responsio à la Francogallia de François Hotman (Paris, 1575) ; Annalium libri quatuor, sur les souverains français (Paris, 1577) ; un travail sur le Code Justinien (Paris, 1588) ; et des biographies de Claude de Guise et François de Guise (Paris, 1577) ; Dante, Pétrarque, et Boccace (Paris, 1587) ; de Laurent de Médicis (Paris, 1586) ; Cujas (Paris, 1591) ; Pierre Pithou (Paris, 1597) ; et Lucius Titus (Lyon, 1597).
Dans son livre publié en 1587 consacré aux trois grands poètes italiens, Papire Masson invoquait Dante, historicus magis quam poeta, comme une autorité parmi d’autres, pour écrire l’histoire des papes et, en composant une Vita du poète qui servait de prologue aux biographies bien plus amples qu’il consacrait à Pétrarque et à Boccace, il citait en italien vingt-sept vers du Purgatoire, afin d’obtenir, disait-il, le même effet d’étrangeté que les citations grecques chez Cicéron
En 1618, son frère Jean-Baptiste Masson fit paraître chez Jacques Quesnel un ouvrage posthume de Papire, Descriptio Fluminvm Galliae, quae Francia est, un livre de géographie sur les fleuves de la France, fruit de plusieurs années de travail. Il y donne les descriptions et tous les renseignements qu’il avait pu trouver sur les principaux cours d’eau navigables de France : la Loire, la Seine, le Rhône et la Garonne, avec une description des régions et des villes traversées. Les manchettes, en français, rappellent les noms des lieux décrits dans le texte latin. L’ouvrage fut réimprimé en 1678 et 1685.