Drexler a été une influence importante sur la science-fiction en vulgarisant les nanotechnologies et en esquissant des scénarios pour l'avenir. L'Âge de diamant, roman de Neal Stephenson, s'inspire de son assembleur moléculaire (pour l´anecdote, Drexler apparaît comme l´un des héros du roman). Le roman de Michael Crichton, La Proie, s'inspire directement de ses travaux. Luc Besson s'est inspiré de sa machine, dans une scène dans Le Cinquième Élément, film français de science-fiction, sorti en 1997.