Ružička a consacré beaucoup d'efforts au problème de l'enseignement. Il a insisté sur une meilleure organisation de l'enseignement et de la recherche académique dans la nouvelle Yougoslavie, et a créé la Société Suisse-Yougoslavie. Ružička a été académicien membre de l'Académie des arts et des sciences de Yougoslavie à Zagreb. En Suisse, le Prix Ružička, décerné à de jeunes chimistes travaillant en Suisse, a été créé en son honneur. Dans sa ville natale de Vukovar, un musée a été ouvert en son honneur en 1977, mais a été détruit par l'armée serbe en 1991 au cours de la guerre de Croatie.