Suite directe de Megaman Battle Network, le jeu reprend la présentation graphiques et les mécanismes du précédent volet en y apportant plusieurs modifications et améliorations.
Dans le premier volet, Megaman.EXE était en mesure de changer d'élément en fonction de l'armure portée. Cette fonctionnalité est ici reprise sous une forme plus complexe : le Navi peut adopter un « style » modifiant son apparence ainsi que ses différentes caractéristiques :
Dans cet opus apparait également le programme avancé (Program Advance) qui permet, en utilisant des puces dans un certain ordre, de créer une attaque beaucoup plus puissante que les puces habituelles (cette attaque peut aller jusqu'à 600 points de dégâts, pour Life Sword 3 : FireBlade, Aquablade puis Elecblade, tous de codes semblables). Le programme avancé est une des fonctions récurrentes dans les opus suivants.
Les programmes avancés sont au nombre de 32. Pour les réaliser, il faut la plupart du temps utiliser la même ou le même genre de puce dont les codes alphabétiques sont les mêmes ou se suivent.
Exemple: Pour obtenir un Zeta-Cannon 1, vous devez sélectionner trois Cannons, de codes A,B et C. Une fois activé, vous êtes invisible et pouvez vous servir à volonté de Cannons pendant 5 secondes.