Certaines mutilations sexuelles relèvent de coutumes et parfois de rites d'initiation ou plus simplement d'intégration sociale. Elles concernent principalement le sujet jeune.
Il existe aussi des cas d'automutilation sexuelle, ou de mutilation voulue par le sujet mutilé, rencontrée chez certains hommes. La secte chrétienne russe Skoptzy en fournit un exemple. D'autres cas peuvent relever de la psychiatrie, comme celui de Bernd Jürgen Brandes qui a demandé à Armin Meiwes de lui couper le pénis pour le manger.