Bien qu'originellement classé dans le genre Paranthropus créé par Robert Broom en 1938, certains spécialistes considèrent qu'il doit être classé dans le genre Australopithecus créé par Raymond Dart en 1924.
Le débat au sein de la communauté scientifique n'est pas encore tranché. La morphologie de P. aethiopicus, intermédiaire entre Australopithecus afarensis et les formes robustes d'australopithécinés, est à l'origine des incertitudes quant à sa position taxinomique.
Au-delà de ce débat, la coexistence de caractères robustes et graciles sur ce fossile est à l'origine d'une remise en question de la validité du genre Paranthropus. Certains considèrent en effet que le groupe des Paranthropes est polyphylétique donc artificiel. D'autres interprètent ce mélange de caractères comme l'expression d'une forme ancestrale des Paranthropes, qui serait issue des formes graciles. Le groupe serait donc monophylétique et ce mélange de caractères devient alors preuve de la validité du genre Paranthropus.