Les Portugais tentent de s'établir sur Perim en 1513 mais ils sont repoussés par les Ottomans. Elle est occupée par la France en 1738 de même que d'avril 1799 à 1801 par la Compagnie anglaise des Indes orientales en préparation de la conquête de l'Égypte.
Les Britanniques reconquièrent Perim en 1857, l'intègrent à leur protectorat d'Aden et y construisent un phare quatre ans plus tard. L'île tire ensuite profit de sa situation stratégique sur la route des Indes en servant de lieu de ravitaillement, notamment en charbon, pour les navires empruntant le canal de Suez. À partir de 1915, des timbres du Raj britannique sont utilisés sur Perim. Les Britanniques repoussent avec succès en 1916 une offensive de l'Empire ottoman qui cherche alors à reconquérir l'île.
En 1967, la Fédération d'Arabie du Sud et le Protectorat d'Arabie du Sud deviennent indépendants et fusionnent sous le nom de République démocratique populaire du Yémen, récupérant l'île de Perim qui fera l'objet d'un contentieux territorial avec la République arabe du Yémen.
Avec la réunification de la République démocratique populaire du Yémen et de la République arabe du Yémen qui forment la République du Yémen, le contentieux de l'île de Perim prend fin.