Depuis 2004, ce sont exclusivement les établissements publics de coopération intercommunale qui élaborent et suivent le PLH, sous le contrôle de l'état via les préfectures (contrôle de légalité…). En général l'EPCI nomme un animateur, un maître d'oeuvre et un maître d'ouvrage.
Avec ce document, l'EPCI devient plus largement l'autorité organisatrice des politiques de l'habitat dans l'élan de décentralisation voulu par le législateur en 2004. Le périmètre d'un PLH est celui de la surface couverte par la commune ou l’intercommunalité qui le met en oeuvre.
L'état (via le Préfet) porte à la connaissance du Président de l’EPCI :
L'état, via le Préfet aidé en cela par les Direction Départementale des Territoires (DDT), statue sur la pertinence du projet de PLH, avec le conseil départemental de l’habitat.
La réalisation d'un PLH conditionne certaines aides et subventions de l'état. Il est notamment une condition de la délégation des « aides à la pierre » par convention aux EPCI.
Anticiper sur les futures normes en économies d'énergie donne lieu aussi à des bonifications dans le cadre de l'ANRU ou des aides de l'Ademe
Des subventions peuvent être accordées par l'état (dans la limite des dotations de la loi de finances), des agences ou d'autres collectivités (Conseil régional) pour les études de PLH, et les données des observatoires de l’habitat peuvent être intégrées par l'EPCI..
D'autres subventions peuvent être accordées pour le suivi et l'évaluation du PLH, dans le cadre notamment de conventions entre l’Etat et les EPCI qui se sont dotées de la compétence en matière de politique du logement.