Le taux de mortalité associé au PTT approchait les 100 % jusque dans les années 1980. Ce taux a été largement rabaissé grâce à un diagnostic plus rapide et à une amélioration du traitement par échange plasmatique.
En 2007, le taux de mortalité est d'environ 95 % pour les cas non traités. Le taux de survie est d'environ 80 à 90 % pour les patients ayant bénéficié d'un diagnostic précoce et d'un traitement adapté. Un tiers des patients ayant survécu à l'épisode initial subissent une rechute dans les dix années suivantes.