D'après un rapport du Ministère de l'Économie, des Finances et de l'Industrie, le réseau Sortir du nucléaire refuse par principe toute concertation avec la mission Granite sur l'enfouissement des déchets nucléaires.
Le Réseau « Sortir du nucléaire » est également critiqué par des acteurs plus radicaux du mouvement antinucléaire, qui lui reprochent d'être trop « mou », ainsi le Comité Stop Nogent refuse de signer la charte du réseau qui n'appelle pas à une sortie immédiate du nucléaire.
En 2008, le Réseau Sortir du nucléaire obtient une note de transparence de 2 sur 5 dans le baromètre de la transparence des ONG réalisé par la Fondation Prometheus. D'après ce rapport, l'organisation de l'association est jugée transparente (mise en ligne des statuts) sauf en ce qui concerne le rapport financier. En réaction à cette mauvaise note, le rapport financier annuel du réseau - qui a toujours été disponible sur simple demande - est diffusé sur internet.