L'Aar prend sa source dans le massif de l'Aar-Gothard à partir des eaux provenant de la fonte des glaciers du Finsteraarhorn à 4 275 m d'altitude, par une dizaine de paliers elle descend de sa vallée supérieure, l'Oberhasli. Elle pénètre ensuite dans les préalpes suisses. Elle a creusé des gorges profondes de 40 à 50 mètres sur une longueur de 1 500 mètres à travers la barrière calcaire du Kirchet. Ensuite elle rejoint les lacs de Brienz puis de Thoune. Son cours se dirige ensuite vers Berne, où la vieille ville a été construite au bord d'un méandre. Un lac artificiel a été créé après Berne à Mühleberg. Plus loin, elle est rejointe par la Sarine, son principal affluent rive gauche, et continue jusqu'à Aarberg, d'où son cours a été modifié par le canal de Hagneck, afin que ses eaux rejoignent le lac de Bienne . À sa sortie, l'Aar s'écoule par le canal de Nidau-Büren jusqu'à Büren où elle retrouve son cours antérieur à la correction des eaux du Jura. Dès lors, la rivière prend la direction de l'est et s'écoule le long du Jura pour traverser Soleure, où l'Emme, un affluent de la rive droite, la rejoint. Son débit est à nouveau contrôlé par le barrage de régulation de Flumenthal, près de Flumenthal. Elle traverse ensuite la ville d'Olten. Après quoi elle passe par Aarau, puis Brugg, où la rejoignent la Reuss et la Limmat (rive droite). L'Aar continue son cours vers le nord jusqu'au Rhin dans lequel elle se jette, près de Koblenz. L'Aar a une longueur totale de 288 kilomètres.
