Dans la seconde moitié du IX siècle toutefois, l’évêque de Toul Arnoud chassa les religieuses, qui n'observaient plus la règle. Il les dédommagea, et appela à leur place des bénédictins.
À la fin du IX siècle, l'empereur Charles le Gros donna Étival (autre fondation de Bodon) et Bonmoutier à l’abbaye d’Andlau, pour compléter les revenus de cette récente fondation de sa femme Richarde. L'abbesse d'Andlau perdit ensuite ses droits sur Bonmoutier, l'évêque de Toul en étant le réel titulaire.
Berthold, 36 évêque de Toul, créa alors en 1010 un nouveau monastère d'hommes sur une colline voisine, "à trois quarts de lieu de Bodonis Monastérium" ; ce sera l'abbaye de Saint-Sauveur. Pour des raisons que l'on ignore, ce monastère remplaça Bonmoutier, qui disparut du vivant de Berthold, mort en 1019 (selon Richer, religieux de Senones), ou plus tard en 1145 (selon Dom Calmet).