Origine de l'introduction de la règle bénédictine en France
Clovis réunit un premier concile à Orléans en 511. Peu après l’évêque du Mans envoie des religieux de son diocèse au Mont-Cassin pour se renseigner sur la règle de saint Benoît.
Le jour de l’Épiphanie 542, saint Maur quitte le Mont-Cassin et Benoît de Nursie. Il passe la Pâque près d’Auxerre dans un lieu appelé Font-Rouge près d’un solitaire appelé Romain qui avait donné l’habit monastique à Benoît de Nursie. Il arrive avec ses moines près d’Orléans. Il essaya d’introduire la règle bénédictine à l’abbaye de Saint-Pierre-aux-Bœufs qui a pris plus tard le nom de Saint-Aignan à Orléans, mais ce fut un échec.
A la suite de la mort de l’évêque du Mans Innocentus, saint Innocent, et le refus de son successeur de recevoir saint Maur, il resta à Orléans, puis se dirigea vers Angers, où avec l’aide du comte Florus, il crée l’abbaye de Glanfeuil.
Fondation de l'abbaye
Sous le règne de Clotaire III et l’épiscopat de Leodegarius, évêque d’Orléans, l’abbé de Saint-Aignan Léodebold souhaite introduire la règle de saint Benoît dans son abbaye. Devant le refus de ses moines, il décida de fonder une nouvelle abbaye. Pour cela il échangea avec le roi Clovis II et grâce à l’appui de son épouse Bathilde une propriété qu’il possédait avec la villa gallo-romaine de Floriacum près d’Orléans et des bords de la Loire. L’année même de son échange, en 651, il envoya des religieux, dont probablement Liébaut et Rigomaire les futurs premiers abbés, pour fonder la nouvelle abbaye. Ils utilisent probablement au début les anciennes constructions de cette possession royale. Un des oratoires fondé est consacré à saint Pierre, l’autre à la Vierge Marie.
Les reliques de saint Benoît à l'abbaye de Fleury
Mommole, le troisième abbé, ayant une vision mystique de saint Benoît, demanda à un de ses moines, Aigulfe, d’aller en Italie et de rapporter à l’abbaye de Fleury le corps de saint Benoît qui se trouvait dans le monastère du Mont-Cassin abandonné à l'époque. Il se rendit à Rome avec des moines du Mans qui souhaitaient ramener les reliques de sainte Scholastique enterrée à côté de saint Benoît. S'étant rendu seul au Mont-Cassin, il y recueillit les corps de saint Benoît et de sainte Scholastique. Malgré l'opposition du pape, le retour d’Aigulfe et ses compagnons avec les reliques de saint Benoît et sainte Scholastique à l’abbaye de Fleury se fit en juin 655. Le corps de sainte Scholastique est alors donné aux moines étant veus du Mans. Le corps de saint Benoît d'abord déposé dans l'église Saint-Pierre puis,finalement, il fut enterré dans l’église consacrée à la Vierge Marie en décembre 655. L‘abbaye prend alors le nom de Saint-Benoît de Fleury ou de Saint-Benoît-Fleury. La date de cette translation varie suivant les auteurs : 653 pour Mabillon, 655 pour dom Chazal, 660 pour les Bénédictins du XVII siècle. La date de 660 pourrait être plus logique si on considère que le pape à l'époque de ce transfert était Vitalien comme l'indique l'abbé Rocher dans l'"Histoire de l'abbaye royale de Saint-Benoît-sur-Loire".
Aigulfe est devenu abbé de Lérins en 661, où il a été livré par deux moines rebelles, après avoir été torturé, à des pirates qui l'ont tué. Son corps a été enterré en 675 par son successeur Rigomir.
Vers 752-754, des moines de l’abbaye du Mont-Cassin qui était réoccupée, accompagnés par Carloman, vinrent à l'abbaye accompagnés de l’archevêque de Reims pour reprendre les reliques de saint Benoît sur l'ordre du pape Zacharie et du roi Pépin le Bref. La légende raconte qu'un miracle de saint Benoît fit que l'abbé Medon n'a donné aux moines du Mont-Cassin que quelques ossements du corps de saint Benoît.
En 887, une portion des reliques de saint Benoît est donnée au monastère de Pressy dépendant de l'abbaye de Fleury-Saint-Benoît.
À la demande du pape Urbain V, en 1364, des reliques de saint Benoît sont envoyés dans un monastère bénédictin de Montpellier.
En 1725, des reliques de saint Benoît sont donées à l'abbaye du Bec.
À la demande du roi du Pologne Stanislas Leszczyński, en 1736, une petite partie des ossements de saint Benoît est donnée au monastère de Saint-Léopold, en Russie.
Après la Révolution française, les dons de reliques de saint Benoît ont été plus nombreux.
Histoire de l'abbaye
Un premier monastère est fondé sur les lieux le 27 juin 651 . Ce monastère est un des premiers en Gaule à vivre selon la règle de saint Benoît. Les reliques de Saint Benoît sont transférés au monastère de Fleury par des moines, qui sont allés chercher les ossements de leur maître délaissés. Ceci est à l'origine du nom actuel de la basilique. L’abbaye subit le pillage des Vikings du chef Hasting en 865.
Le monastère est réformé dans la première moitié du X siècle par Odon de Cluny. Deux abbés font de Saint-Benoît-sur-Loire l'un des centres culturels de l'Occident : Abbon (de 988 à 1004) et Gauzlin (de 1004 à 1030). L'abbaye rayonne alors grâce à son importante bibliothèque et son scriptorium. Les bâtiments subissent plusieurs destructions par les Normands, puis par un incendie en 1026. L'édifice actuel est reconstruit à partir de 1027 par Gauzlin, abbé de Saint-Benoît. Les travaux commencent par la tour-porche.
L'abside, la crypte et le chœur sont achevés et consacrés en 1108, permettant l'inhumation dans le sanctuaire, la même année, du roi Philippe Ier. La nef est poursuivie pour rejoindre la tour-porche avec des arcatures gothiques. L'essentiel du bâtiment est achevé vers 1218. Les stalles sont mises en place en 1413 et l'orgue en 1704.
La communauté monastique est dispersée au cours de la Révolution française. Elle reprend possession des lieux à partir de 1864. La véritable refondation a lieu en 1944 avec l'arrivée d'une dizaine de moines de l'Abbaye de la Pierre-Qui-Vire en Bourgogne. L'abbaye, rattachée à la Congrégation de Subiaco, compte aujourd'hui une quarantaine de religieux et accueille plusieurs centaines d'hôtes chaque année et près de cent mille visiteurs, simples touristes ou pèlerins. Les frères vivent de la boutique d'artisanat monastique, de la fabrication de bonbons en forme de moines, de l'accueil et de dons. Contrairement à la Congrégation de Solesmes, Saint-Benoît-sur-Loire accorde une large place au français durant l'office divin tout en conservant le chant grégorien à la messe et pour les fêtes principales.
