Ses ouvrages se composent principalement de traités de jurisprudence ; mais on y trouve aussi des travaux critiques et des ouvrages purement littéraires. Il écrivait en latin, la langue internationale de l'époque. Le Dictionnaire Bouillet remarque surtout ses Emblemata (Emblematum libellus), recueil d' allégories en vers latins sur des sujets moraux qui eut beaucoup de succès en Europe (plus de cent rééditions entre la France, l'Allemagne, les Pays-Bas et l'Italie avant 1620). Plus tard, certains écrivains, y compris Claude Villette, y ont ajouté une signification religieuse, où celle d'Alciato n'était que moral dans un sens humaniste . Ces emblèmes n'était pas tous des créations originales: James Hutton remarque même qu'un tiers d'entre elles étaient empruntées à l'Anthologie grecque . Mais l’originalité n’était pas son propos : le recueil présentait, en un volume, une somme de connaissances et de codes, dont la maîtrise définissait les membres de la « République des Lettres ». Ainsi, cette œuvre d'Alciato fut le premier support des alba amicorum, carnets où les étudiants voyageant en Europe recueillaient les inscriptions de leurs amis. Aux XVI et XVII siècles, on ajoutait des feuilles supplémentaires à cette œuvre afin de la faire fonctionner comme telle pour des étudiants en voyage.
La première édition officielle des Emblemata parut en France en 1534, chez l'imprimeur Christian Wechel; ce volume et les nombreuses rééditions qui le suivirent se répandirent rapidement en France et en Europe. Chaque emblème consistait en un titre, une image, et un texte latin en vers. Les éditeurs successifs ont toujours maintenu cette formule, qui est devenue une caractéristique du genre. Depuis la parution des Emblemata, la nature précise des emblèmes ainsi que leur mode de lecture sont problématiques : l'emblème se définit-il comme texte, image ou une combinaison des deux ? Et selon quelle hiérarchie ? Alciatio lui-même les a définis comme « verba signifiant, res significantur » . Ainsi, le chercheur Hessel Miedema constate que, dans la combinaison du texte et de l'image, l'effet est un d'un signifié autre que le référent direct.
Le recueil d’Alciat lança la mode des recueils d’emblèmes, qui allaient devenir l’un des genres les plus féconds de la Renaissance européenne.