Après la Deuxième Guerre mondiale, il devient attaché à Paris auprès de la fondation française contre le cancer, l'Institut Curie.
De 1946 à 1949, ses recherches portent sur le syndrome de Plummer-Vinson (également appelée Brown-Kelly-Paterson), fréquent en Suède. La particularité de cette maladie est de contenir des cellules cancéreuses qui disparaissent si on lui applique une procédure simple. Mandaté par le professeur Porcher (membre puis secrétaire perpétuel de l'Académie de Médecine), Gernez étudie cette affection en Angleterre (Radcliff's, Oxford), en Suède (Karolinska, Stockholm), aux États-Unis (Presbyterian Hospital, New York), puis au Canada. Il signale à la communauté médicale que cette observation est capitale car elle peut empêcher un cancer d'apparaitre en intervenant à un stade précoce.
De 1950 à 1976, le docteur André Gernez vient travailler à Lille comme chef de travaux de radiologie puis établit son cabinet de radiologie à Roubaix.
Suite au moratoire sur le Cancer décidé par Antoine Lacassagne qui présidait le congrès de Séoul en 1966, André Gernez commence à rédiger sa théorie biologique à partir d'octobre 1966. Jusqu'en 1969, Gernez et Delahousse soumettent à l'Académie des sciences quatre mémoires intitulés Néo-Postulats biologiques et pathogéniques, La Carcinogénèse - Mécanisme et Prévention, Le Cancer - Dynamique et éradication et Loi et règles de la cancérisation. A chaque fois, ces travaux seront refusés par le comité de lecture. Ces travaux seront néanmoins félicités par le professeur Raymond Turpin.
Dès 1970, les docteurs Gernez, Delahousse, Lacaze, Dumont et Deston contestent le dogme scientifique de l'absence de neurogenèse après la naissance. Ce dogme était alors défendu par la majorité des neurobiologistes depuis Santiago Ramón y Cajal malgré certains travaux critiques apparus dans les années 1960, comme ceux de Joseph Altman. Ce dogme reposait sur les concepts de double cycle cellulaire et de fixité neuronale que contestent justement Gernez et ses collaborateurs. Ces travaux donneront lieu à la fondation de l'Union Biologique Internationale (Organic Union International) par Gernez avec Paul Gellé, le professeur de biologie Nihous et les médecins Delahousse, Lacaze, Dumont, Deston et Willem. En 1971, le professeur Gellé, président de l'ordre des médecins du Nord lance un appel en faveur de la prévention du cancer.
En 1969, le professeur René Truhaut de l'INSERM commence à expérimenter le protocole de prévention du cancer sur les animaux. En 1971, Gernez est informé par Gak du succès de l'expérimentation et ce dernier lui demande une grille d'affinement. En 1974, le Professeur Paul Robert Marius Lechat décide de ne pas rendre public les travaux de Gernez, contre l'avis du ministre de la santé Michel Poniatowski. Censuré dans tous les média institutionnels et malgré la suppression de l'agrément pour utiliser sa bombe au cobalt, Gernez publie néanmoins des travaux sur le cancer, la schizophrénie, la myopathie, le parkinsonisme, la maladie d'Alzheimer, le psoriasis, l'asthme, l'allergie et la sclérose en plaques.
Lors d'un exposé en Sorbonne avec les docteurs Delahousse et Deston, il défend le besoin biologique de croire, qui est fixé génétiquement dans le cerveau limbique : « la fonction religieuse est inscrite au niveau du cerveau archaïque » ; le fait religieux existe depuis 500 000 ans alors que l'abstraction et langage articulé ont moins de 50 000 ans. Le pithécanthrope fore les crânes humains selon un rite identique de la Chine à l'Afrique depuis 700 000 ans : cette activité religieuse attendra des centaines de milliers d'années avant d'être conceptualisée ; elle illustre le principe de Laborit selon lequel le cerveau sert d'abord à agir et la pensée vient améliorer l'efficacité de cette action au cours de l'évolution. En permettant le dégagement de la pression de la sélection naturelle, la fonction religieuse est un paramètre essentiel de l'anagénèse humaine. En effet, elle a pour objet la transcendance, c'est à dire la perception de réalités qui échappent ses sens. Pour Gernez, seule une religion intègrant les acquis de l'évolution peut viser à la réalisation du projet génétique de l'espèce avec fiabilité.
Le 22 octobre 1983, André Gernez expose à l'académie des sciences sa théorie structurale de la schizophrénie, qui affirme que l'homme utilise deux réseaux cérébraux pour penser.
En 1986, la nature tumorale de l'arthéromatose par dégénérescence de la tunique moyenne de l'artère est reconnue. Dès lors, selon Gernez, cette pathologie qui peut mener à l'infarctus du myocarde ou à un accident vasculaire cérébral pourrait faire l'objet d'une mesure de prévention active telle qu'il la propose pour d'autres formes de cancers.
En 2004, Hajime Hirase prouve in vitro à l'intérieur du crâne d'une souris vivante l'existence de deux voies de communication cérébrale annoncées par Gernez : les neurones et les astrocytes. L'équipe du Professeur Pierre-Marie Lledo de l'Institut Pasteur proclame la fin d'un dogme et la découverte d'une zone de production de nouveaux neurones dans le cerveau adulte ; la neurogenèse chez l'adulte est désormais identifiée dans trois régions du cerveau : le bulbe olfactif, l'hippocampe et le néocortex générant des interneurones.
Gernez soumet à l'Académie des sciences un article dans lequel il propose de réviser la fixité de la vitesse de la lumière en revenant sur la formule E = mc. Comme pour certains ultrasons que nos sens ne peuvent percevoir, Gernez suggère le concept d'immédiateté par l'ultra-lumière. En effet, Alain Aspect a observé en 1982 que la vitesse de 300 000 km par seconde pouvait être dépassée.
À l'occasion du centenaire de la Société d'encouragement au progrès, Gernez rend hommage en 2008 au professeur Jean Courtial (en), médecin, polytechnicien et directeur de l'Institut Curie de 1950 à 1966 pour ses travaux sur le cancer.
Dans le cadre de la « grande cause nationale 2009 » sur le don d'organes et de sang, Gernez écrit à Arnold Munnich, conseiller du président de la République pour la recherche biomédicale et la santé que l'organisme ne tolère que son propre biotope. Il est membre de la Commission Permanente Consultative Médecines et Santé d'une association rattachée à l'ONU.
