Version 1.0
En 1999, Naba Kumar sortit la première version alpha d'Anjuta, un environnement de développement intégré pour GNOME qui serait l'union de tous les meilleurs outils de développement en ligne de commande du monde Linux. Recevant un accueil favorable de la communauté, la première version stable (1.0) sortit en 2002.
Version 2
Mais des limitations dans son architecture peu modulaire se firent vite sentir, et la décision fut prise de faire une complète réécriture du logiciel. À cette époque, gIDE, un autre IDE semblait poursuivre le même but, et le 9 novembre 2001 les deux projets fusionnèrent pour la réalisation d'Anjuta 2, la base venant d'Anjuta et le système de greffons de gIDE
Version 1.2
La sortie de GNOME 2.0 signifiait qu'Anjuta 1.0 utilisant les vieilles bibliothèques de GNOME 1.4 ne s'intégrait plus très bien dans le bureau. Il était clair qu'Anjuta 2 ne pourrait remplacer Anjuta 1.0 avant longtemps, aussi les développeurs décidèrent de porter Anjuta 1.0 sous GNOME2, pour créer Anjuta 1.2, et de développer Anjuta 2 en parallèle. Les développements se concentrèrent alors sur Anjuta 1.2 car de nombreuses personnes utilisaient et voulaient améliorer Anjuta 1.0. Malheureusement, cela eut pour effet de ralentir le développement d'Anjuta 2.
Scaffold
Après la sortie d'Anjuta 1.2 en 2003, Anjuta 2 redevint la priorité, mais un désaccord entre les deux groupes de développeurs causa le changement de nom d'Anjuta2 en Scaffold. Scaffold était en majorité développé par les anciens développeurs de gIDE, et Anjuta 2 était développé par les développeurs d'Anjuta 1.2, sur l'ancien code mais avec une nouvelle architecture. Le but d'Anjuta 2 était d'utiliser les fonctionnalités de l'ancien Anjuta, bien qu'avec une nouvelle architecture. Cela engendra une certaine confusion dans la communauté du logiciel libre qui commença à penser que les deux projets (Anjuta 2 et Scaffold) étaient morts.
Une nouvelle version 2.0
Mais Naba qui avait toujours cru en sa vision des choses implémenta le système de greffons et porta des fonctionnalités plus anciennes dans de nouveaux greffons pour Anjuta 2.0. Du code de l'ancien Anjuta 2.0 (Scaffold) fut réutilisé dans le nouvel Anjuta 2.0 (le dérivé d'Anjuta 1.2). Après avoir été dans le creux de la vague pendant un an, l'avenir se dessine avec la sortie le 15 mai 2005 d'Anjuta 2.0.0, la première version alpha (version de test) d'Anjuta 2.0.
Le 25 juin 2007, Anjuta DevStudio a annoncé la sortie de la première version stable d'Anjuta 2 : la version V2.2.0, surnommée Hurricane.