Pour chaque partie les affluents sont donnés dans le sens du courant, de l'amont vers l'aval.
Vallée de Conches
Les affluents de la vallée de Conches, depuis la source jusqu'à Brigue :
- Muttbach (rive gauche)
- Lengenbach (rive gauche)
- Gerewasser (rive gauche)
- Rätischbach (rive droite)
- Jostbach (rive droite)
- Milibach (rive droite)
- Oberbach (rive droite)
- Agene (rive gauche) + ses affluents
- Niderbach (rive droite)
- Trützisee et Trützital (rive droite)
- Mossmattebach (rive gauche)
- Merezebach (rive gauche)
- Minstigerbach (rive droite)
- Blinne (rive gauche)
- Reckingerbach (rive droite)
- Ritzibach (rive gauche)
- Walibach (rive droite)
- Hilperschbach (rive droite)
- Spissbach (rive gauche)
- Wilerbach (rive droite)
- Chrimpebach (rive gauche)
- Schwarze brunne (rive droite)
- Rufibach (rive gauche)
- Löüwibach (rive gauche)
- Milibach (rive gauche)
- Wysswasser (rive droite) + ses affluents
- Alte bach (rive droite)
- Deischbach (rive droite)
- Binna (rive gauche)
- Milibach (rive gauche)
- Teiffe Bach (rive droite)
- Massa (rive droite)
Vallée du Rhône
Les affluents de la vallée du Rhône, depuis Brigue jusqu'à Martigny :
-
Chelchbach (rive droite)
-
Saltina (rive gauche)
-
Mundbach (rive droite)
-
Gamsa (rive gauche)
-
Vispa (rive gauche)
-
Baltschieder Bach (rive droite)
-
Milibach (rive gauche)
-
Lonza (rive droite)
-
Turtmänna (rive gauche)
-
Dala (rive droite)
-
Raspille (rive droite)
-
Navizence (rive gauche)
-
Liène (rive droite)
-
Borgne (rive gauche) et affluents (Dixence)
-
Sionne (rive droite)
-
Printze (rive gauche)
-
Morge (rive droite)
-
Lizerne (rive droite)
-
Salentse (rive droite)
-
Dranse (rive gauche) et affluents (Dranse de Bagnes, Dranse d'Entremont, Dranse de Ferret)
Entre Martigny et le lac Léman
Les affluents entre Martigny et le lac Léman :
- Trient (rive gauche)
- Salanfe (rive gauche)
- Avançon (rive droite)
- Vièze (rive gauche)
- Gryonne (rive droite)
- Grande Eau (rive droite)
- Fossau ((rive gauche)
Lac Léman
Les affluents dans le lac Léman, ils sont ici détaillés rive par rive étant donné la largeur du lac.
Rive droite :
- Eau Froide
- Tinière
- Veraye
- Baye de Montreux
- Baye de Clarens
- Ruisseau de la Maladaire
- Ognona
- Veveye
- Salence
- Forestay
- Rio d'Enfer
- Lutrive
- Paudèze et un affluent rive gauche le Fonzey
- Vuachère
- Chamberonne issu de la confluence de la Sorge et de la Mèbre
- Venoge affluents : Veyron et Arena (rive droite)
- Morges affluent : Cambagnou (rive gauche)
- Boiron affluent : Blacon (rive gauche)
- Ruisseau de Chenaux
- Aubonne affluent : Flumau (rive gauche)
- Eau Noire
- Flon affluent : Flamolens (rive gauche)
- Flon de Vincy
- Lavasson
- Promenthouse : Serine (rive gauche)
- Asse
- Boiron
- Nant du Pry
- Brassu
- Doye
- Torry
- Nant de Braille
- Versoix
- Gobé
Rive gauche :
De Genève à Lyon
Les affluents du Rhône, depuis Genève jusqu'à Lyon :
- Arve (rive gauche)
- Nant de la Noire (rive droite)
- Châtelet (rive droite)
- Eau morte (rive gauche)
- Allondon (rive droite)
- Ruisseau de Charmilles (rive droite)
- Laire (rive gauche)
- Longet (rive gauche)
- Valserine (rive droite)
- Les Usses (rive gauche)
- Fier (rive gauche)
- Canal de Savières (rive gauche) en provenance du lac du Bourget
Après Lavours le Rhône est en partie dévié sur sa rive droite par un canal, canal de déviation du Rhône. Ensuite, la Dérivation de Brégnier-Cordon.
- Guiers (rive gauche)
- Perna (rive droite)
- Bourbre (rive gauche)
- Ain (rive gauche)
Séparation en deux bras entre Jons et Lyon