Les binaires X ont un historique très récent, comparé à celui des autres étoiles doubles, et cette histoire suit celle de l'astronomie X en général : l'atmosphère absorbant les rayons X - une chance pour les organismes vivants -, l'astronomie X ne pouvait décoller en pratique qu'avec l'entrée dans l'ère spatiale.
L'histoire commence précisément avec une fusée Aerobee 150 lancée par l'USAF depuis White Sands le 19 juin 1962 à 6h59 GMT avec une durée de vol utile de six minutes jusqu'à un apogée de 224 km. En utilisant des compteurs Geiger installés dans le nez de la fusée, l'équipe de Riccardo Giacconi allait découvrir la source de rayons X la plus brillante du ciel après le Soleil, Scorpius X-1 (Giacconi et al. 1962). Pour en faire la première binaire X connue, il fallut un peu plus de temps. D'abord parce que la localisation imprécise (Scorpius X-1 est située en direction du centre galactique à environ 2,8 kpc) nécessita d'attendre 1966 pour trouver sa contrepartie optique, ensuite parce qu'il fallait mettre en évidence le mouvement orbital. En 1966, Zeldovich & Guseynov notaient que « le mouvement du gaz dans le champ gravitationnel d'une étoile effondrée pouvait produire des rayons X ». Mais, dans l'hypothèse binaire X, qu'un couple puisse survivre à l'explosion en supernova de l'une des composantes était néanmoins surprenant, et ne fut expliqué par l'effet d'un transfert de masse préalable qu'au début des années 70. On estime maintenant que Scorpius X-1 est une binaire X de faible masse (0,42 masse solaire pour l'étoile), orbitant une étoile à neutrons (1,4 masse solaire) avec une période de 18,9 heures (Steegs & Casares 2002).
Les vols de fusées Aerobee suivants allaient permettre d'augmenter peu à peu le nombre de sources X connues, en particulier Cygnus X-1 (Bowyer et al. 1965), une binaire X distante de 2,5 kpc. Elle est maintenant connue comme formée de la supergéante O9.7 Iab HDE 226868 d'environ 20 masses solaires orbitant un objet compact avec une période de 5,6 jours, sans doute un trou noir puisque sa masse semble se trouver autour de 10 masses solaires (Herrero et al. 1995).
Les connaissances allaient encore pouvoir progresser avec l'avènement de l'ère des satellites X, offrant une plus longue durée d'observation, une plus large couverture spectrale, différents instruments et une meilleure résolution angulaire. Herculis X-1 est une binaire X, détectée avec le premier satellite dédié à l'astronomie X, Uhuru, en 1971. Elle est constituée d'une étoile à neutron en rotation avec une période de 1,24 s orbitant un compagnon stellaire avec une période de 1,7 jours. La présence d'éclipses prouva alors de manière indubitable le caractère binaire de cet objet.
Plusieurs autres satellites ont ensuite été lancés (par ex. ROSAT, XMM-Newton, Chandra) : on connaît maintenant environ 175 binaires X, dont des données complémentaires sont acquises au sol. Les binaires X sont un sujet de recherche très actif : véritables laboratoires de physique de hautes énergies, elles révèlent le comportement dans des conditions physiques extrêmes (matière dégénérée, très forts champs magnétiques, comportement relativiste) de couples stellaires serrés.