Le célèbre architecte irlandais néogothique James Joseph McCarthy a été appelé pour achever le travail. Il propose un nouveau projet. Le plan original proposait un église en style gothique perpendiculaire. Cependant, depuis que le plan originel de Duff avait été adopté pour Armagh, une renaissance architecturale avait eu lieu et avait vu un retour de styles plus purs, dont le gothique perpendiculaire était vu comme une altération décadente. McCarthy proposa de continuer dans un style proche d’un édifice d’architecture gothique fleuri du XIV siècle.
McCarthy avait attaqué le travail de Duff dans le magazine Irish Catholic Magazine en 1847, mais il a été obligé de travailler dessus, les murs ayant atteint la hauteur des vitraux dans les bas-côtés, mais sans les traceries. « Il a complètement changé le design de Duff en faisant fi des pinacles sur les contreforts, du parapet crénelé sur la nef et les bas-côtés, et en augmentant la hauteur sous plafond » (Sheehy) ; il a également introduit des traceries fleuries et de nombreux détails sculptés. Maurice Craig commente, « Caractéristiquement, il a modifié le style du perpendiculaire au fleuri, de manière à ce que le spectateur doive supporter l’absurdité d’un travail « en style XIV siècle » se tenant au dessus d’un « style XVI siècle » (excepté pour les traceries qu’il a harmonisé) ; mais en beaucoup de points, c’est un très bon bâtiment ». La cathédrale a été consacrée en 1873.
La sacristie, la salle du synode, la grande entrée, les portes et la loge du sacristain furent construites plus tardivement (selon Galloway, la sacristie et le portail en 1887, le reste entre 1894 et 1897), suivant le dessin de William Hague. C’est aussi lui qui « ébauche le jubé derrière le maître-autel, avant de mourir en mars 1899. Le travail est repris par M. McNamara de Dublin, a qui l’on doit donc le dessin final et la réalisation du jubé, mais aussi les entrelacs celtiques […] et les systèmes de ventilation et de chauffage ». D’autres travaux intérieurs sont effectués entre 1900 et 1905 par l’archevêque Logue, selon les plans de Ashlin & Coleman de Dublin. La cathédrale est à nouveau consacrée en 1903. Une grande partie de se travail a été retiré.