Les premières rénovations ont lieu dans les années 1980. Elles ont été justifiées à l'époque par : « le caractère sublime de l’intérieur a été perdu par l’introduction ultérieure d’écrans, des rails d’autel travaillés et du pupitre ». Ce que les architectes voulaient atteindre était « un retour au concept original JJ McCarthy's […] Ils ont recommandé une simplification de l’intérieur, ce qui donnerait une plus grande formalité à la cérémonie. »
Le sanctuaire d’origine d’Ashlin est entièrement modifié par l’évêque Liam McCormack. Disparaissent entre autres le pupitre de Beakey, le jubé, les stalles de McDorey, et l’orgue de 1875 de Telford, le maître-autel de Cesare Aureli, les deux autels latéraux et leurs retables respectifs, la chaire et les rails.
Ces modifications ont été critiquées ; les nouveaux aménagement apparaissent dès le début dépassés. « Ni la qualité des remplacements, ni l’habileté des artisans ne peuvent dissimuler l’aliénation totale par ce nouveau travail, de l’esprit et du sens qui ont été l’inspiration ecclésiologique et architecturale de McCarthy. Ceci précisé, ces intrusions modernes semblent dépassionnées et inadaptées. » (Ulster Architectural Heritage Society, 1992)
La cathédrale d’Armagh a été réorganisée à nouveau en 2002 – 2003, par le remplacement du tabernacle par la cathèdre. Les travaux de rénovation ont également comporté le rajouts d’éléments de laiton supprimés en 1980, formant une barrière en face du retable de la chapelle Notre-Dame de McCarthy, la pose d’un carrelage contemporain de couleur pastel dans le sanctuaire entier et l’ajout d'un nouveau tabernacle dans la chapelle du Sacré-Cœur — conçu par Ashlin et Coleman vers 1904. La salle du Synode de Hague a également été restaurée, avec une décoration au pochoir.
