Première église
L’histoire de l’église commence avec l’invasion de la ville par les anglais, au début du XVII siècle. Le capitaine William Cole (en) doit organiser autour de 1611 la nouvelle ville. L’église anglicane est placée au sommet de la plus haute des deux collines de l’île, le marché étant sur la seconde (c’est l’emplacement actuel de la mairie). Elle est un petit édifice, au toit en bardeaux, et sa construction s’achève en 1627 ; elle est dédiée à Sainte-Anne.
John Thomas Romney Robinson (en), physicien et astronome — futur directeur de observatoire d’Armagh, jusqu’à sa mort en 1882 —, est recteur entre 1821 et 1825.
La ville grandit, et au début du XIX siècle, l’église n’est plus assez importante vue le nombre de paroissiens. Le recteur suivant, John Charles Maude (1825 – 1860) décide alors d’effectuer des modifications. Sa nef est alongée en 1826. En 1832, le clocher en mauvais état est abattu ; il est décidé de reconstruire intégralement l’édifice. L’église actuelle est finalement achevée pour sa plus grande partie en 1842.
Église actuelle
Il reste peu de traces visibles de l’église du XVII siècle sur le site, à l’exception d’une fenêtre à troies baies, où la date de 1637 est gravée. Sa tour a cependant en partie été intégrée à l’actuel clocher, qui mesure 45 mètres de haut.
Le chœur est élargi par la suite, en 1889 ; c’est la dernière modification du volume de la cathédrale elle-même jusqu’à aujourd’hui.
En 1921, la population ayant plus rapidement augmenté dans la ville que dans les communes alentour, il est décidé de faire de l’église paroissiale Sainte-Anne une seconde cathédrale dédiée à saint Macartan, en complément de celle de Clogher. Des stalles sont par conséquent ajoutées, pour le Dean et son chapitre.
En 1964, de nouvelles salles ont été construite, dont une salle paroissiale. Ensuite, en 1970, une partie de la nef est transformée en chapelle des Régiments.
