Le fief de la Fontaine a appartenu à plusieurs familles, et sont attestés plusieurs seigneurs, Jean Covet en 1570, Laurent Bessié dans la première moitié du XVII siècle, dont lafille unique Élisabeth ( - 1669), dame de la Fontaine, épouse Alexandre Bottu ( - 1650), seigneur de la Barmondière et de Montchervet, conseiller secrétaire du roi, avocat de Madame au bailliage de Dombes. Leur fils Laurent Bottu de la Barmondière', conseiller secrétaire du roi épouse Marguerite Fiot en en 1654, puis leur fils unique François, écuyer, épouse Marie Anne Hesseler et succède à son père en 1692. Lui succèdent son fils François,écuyer, marié à Charlotte des Champs et leur fils unique Louis François, écuyer, marié à demoiselle Sabot de Piseys. Leur fille et héritière Thérèse ( - 1842), est chanoinesse du chapitre de Joursey en Forez.En 1842, elle lègue le château de la Fontaine à la mense archiépiscopale de Lyon.
Une oeuvre du peintre Utrillo datant de 1931 représente le château de la Fontaine.
Le domaine est aujourd'hui une propriété privée. Il ne se visite pas.