La classification présentée ici est la simplification de celle présentée par A. Georges, J. Birrell, K. M. Saint, W. McCord und S. C. Donnellan basée sur l'analyse génétique.
──o Chelonia |--o Cryptodira `--o Pleurodira |--o Pelomedusoides | |--o Podocnemididae | `--o Pelomedusidae `--o Chelidae |--o Chelodininae | |--o Chelodina (Fitzinger, 1826) | `--o | |--o Pseudemydura (Siebenrock, 1901) | `--o | `--o Rheodytes (Legler et Cann, 1980), Elusor (Cann et Legler, 1994), Elseya (Gray, 1867), Emydura (Bonaparte, 1836) `--o |--o Hydromedusinae c'est-à-dire les Hydromedusa (Wagler, 1830) `--o Chelidinae |--o Chelus (Schneider, 1783) `--o |--o Phrynops (Wagler, 1830) `--o |--o Acanthochelys (Gray, 1873), Platemys (Wagler, 1830) `--o Mesoclemmys, Batrachemmys
Le genre Emydura et Elseya semble former un groupe qui serait monophylétique.