Le cloître respecte le schéma d'architecture établi au XII siècle : chaque galerie compte cinq piliers quadrangulaires et huit colonnes géminées réunies par des arcs en plein cintre. Il est entièrement bâti en marbre blanc, sans doute du marbre de Céret. L'espace central est occupé par un jardin qui n'était sans doute pas accessible à l'époque médiévale, la margelle des galeries n'étant interrompue par aucune porte.
La galerie sud (du XII siècle) est la plus ancienne, et est de faite la seule à être pleinement romane. Ses sculptures sont d'ailleurs héritières des ateliers de Serrabone et de Saint-Michel de Cuxa ; elle développe des thèmes végétaux et animaux, le pilier central étant seul orné de scènes historiées, tirées de la vie de saint Pierre et de saint Paul. Le mur de la galerie, contigu à la cathédrale, abrite de nombreuses sépultures de prélats et d'habitants de Elne. A l'extrémité de la galerie une grande porte du XIV siècle, réalisée dans un assemblage de marbres blancs et rouges, donne dans la cathédrale. Cette galerie a reçu des voûtes gothiques au XIV siècle, décorées de scènes de la Résurrection du Christ.
La galerie ouest (milieu du XIII siècle) est une copie des sculptures de la galerie sud, avec quelques chapiteaux traités dans un style gothique.
La galerie nord (fin XIII siècle) voit coexister à part égale des chapiteaux de style roman et des chapiteaux gothiques. Le schéma de sculpture est toutefois le même que dans la galerie sud, avec surtout des chapiteaux à décor végétal et animal et une seule scène historiée, le martyre de sainte Eulalie et sainte Julie, sur le pilier central.
La galerie est (la dernière à avoir été construite, au XIV siècle), de style gothique, est décorée d'un cycle de l'enfance du Christ représenté sur les piliers de la galerie, et d'un cycle de la Passion du Christ sur le mur de la galerie.
Les anciens bâtiments claustraux sont occupés par des salles d'histoire et d'archéologie abritant une collection d'objets d'art de Elne, dont le plus notable est une armoire liturgique de la fin du XIV siècle décorée d'une Vierge allaitante, qui est de retour depuis peu à Elne.