Ce collège ne devait pas être comme les autres. Il porterait le nom de Collège du roi Henri IV. Outre le programme traditionnel des ‘humanités’, était prévue également la fondation d’une véritable université, avec enseignement du droit et de la médecine, de la philosophie et de la théologie. Le noviciat des jésuites de France devait y être également hébergé. Le collège royal aurait également un internat (le tout premier du genre) avec au moins 24 places de pensionnaires réservées aux fils d’officiers de la maison royale. Des services religieux et prières devaient être organisées pour la famille royale, et les cœurs du roi et de la reine y seraient préservés après leur mort. Henri IV créa un fond substantiel pour assurer la gratuité de l’enseignement, pourvoir en livres la bibliothèque et entretenir un nombreux personnel. L’entreprise était singulière et le roi portait un intérêt particulier à l’établissement qu’il visita plusieurs fois. Tout ne fut pas réalisé cependant: Claudio Acquaviva, Supérieur général de la Compagnie de Jésus, n’accepta pas l’idée du noviciat à La Flèche, et par ailleurs l’idée de l’université fut abandonnée. Le collège n’en fut pas moins un grand succès et devint le plus influent et prestigieux collège jésuite de France (après le collège de Clermont, à Paris).