Il n'existe aucun traitement curatif, mais la prise de probiotiques peut prévenir les éventuelles crises.
La relation médecin-malade reste un élément important du soin et la seule consultation peut avoir une réelle efficacité.
Une approche, s'inspirant d'un volet de la médecine chinoise, consiste à pratiquer des exercices internes pour évacuer les ballonnements, les flatulences, le stress et l'anxiété. Le patient pour qui cela convient peut ainsi devenir autonome et améliorer sa qualité de vie sans médicament ou intervention thérapeutique onéreuse.. D'autres types de psychothérapies comportementales peuvent améliorer les symptômes.
Sur le plan pharmacologique, le médecin pourra prescrire des antiacides, des prokinétiques, des antispasmodiques, des inhibiteurs de pompes à proton, un antidiarrhéique ou un médicament contre la constipation, ou un antidépresseur à faible dose selon les symptômes les plus incommodants.
Le Tegasorod a prouvé une efficacité modérée en cas de constipation mais son utilisation a été restreinte du fait de l'augmentation d'accidents cardiaques.
Dans les formes diarrhéiques, l'Alosetron, un inhibiteur des récepteurs 5-hydroxytryptamine3, semble avoir une certaine efficacité
La menthe poivrée semble avoir un effet bénéfique notable.