Devant le succès croissant de Conrail, les deux principaux concurrents de l'est des Etats-Unis, Norfolk Southern Railway et CSX Transportation, se lancèrent dans une bataille pour prendre le contrôle de Conrail et étendre leurs réseaux. En 1997, les deux chemins de fer CSX Transportation et Norfolk Southern Railway, fixèrent un compromis pour acquérir ensemble Conrail et se partager son capital au pro rata des sommes engagées. Après avoir reçu l'approbation du Surface Transportation Board (STB), successeur de l'Interstate Commerce Commission, Norfolk Southern acquit 58% du capital de Conrail incluant 9600 km de voies, et CSX 42% avec 5760 km “2”. L'opération fut conclue le 22 août 1998. Les lignes furent transférées à deux compagnies à responsabilité limitées, filiales de Conrail, appelées Pennsylvania Lines (PRR) et New York Central Lines (NYC), respectivement louées par NS et CSX. Norfolk Southern hérita des marques d'identifications PRR et CR, tandis que CSX reçut NYC. L'exploitation sous la direction du NS et du CSX commença le 1er juin 1999. Comme son nom l'indiquait, le NYC fit l'acquisition de l'ancienne ligne principale du New York Central Railroad entre New York City, Boston, Massachusetts et Cleveland, Ohio, ainsi que de l'ancienne ligne du Cleveland Cincinnati Chicago & St Louis Railway (de l'ex NYC Big Four) vers Indianapolis, Indiana et East St. Louis, Illinois grâce à l'ancienne ligne du Pittsburgh Cincinnati Chicago & St Louis Railroad (de l'ex PRR Panhandle Route). De son côté, le NS reprenait l'ancienne ligne principale du Pennsylvania Railroad, la ligne du Cleveland & Pittsburgh Railroad reliant Jersey City, New Jersey à Cleveland, ainsi que le reste de l'ancienne ligne principale du NYC reliant Chicago, Illinois. Ainsi le réseau en "X" de Conrail fut soigneusement partagé en deux; CSX prenant une diagonale de Boston à Saint-Louis, Missouri, et NS une autre de New York City à Chicago. Les deux diagonales se croisent sur un pont au sud-est de Cleveland, pas très loin de l'endroit où l'ancien Cleveland & Pittsburgh Railroad croisait l'ancien Cleveland Short Line Railway du NYC. Dans les trois métropoles d'importance majeure que sont le North Jersey, le South Jersey/Philadelphia et Detroit, Conrail Shared Essets Operations continue son activité en tant que compagnie de gare terminus, sous le contrôle du NS et CSX. Cette disposition fut une concession faite aux régulateurs fédéraux qui étaient préoccupés par le manque de compétition sur certains marchés et par les problèmes de logistiques engendrés par le démantèlement de Conrail dans des zones très fréquentées par les usagers. La petite activité de Conrail, qui existe de nos jours sur ces trois marchés, concerne le fret et reste sous l'autorité de ses deux propriétaires. Il existe une quatrième zone constituée par l'ancien Monongahela Railway au sud-est de la Pennsylvanie; ce réseau fut contrôlé conjointement par le Baltimore and Ohio Railroad, le PRR et le Pittsburgh & Lake Erie Railroad, avant d'être absorbé par Conrail en 1993. Mais les droits de circulation restèrent attribués à CSX successeur du B&O et du P&LE. Avec la scission de Conrail, ces lignes revinrent au NS, tandis que les droits de circulation restèrent toujours aux mains de CSX.