Le cas corse
Le principe est particulièrement pensé pour aplanir les difficultés de la Corse liées à son caractère insulaire et à son éloignement de la France continentale, qui entraîne un relatif isolement géographique.
La continuité territoriale s'est appliquée dans un premier temps, à partir du 1 janvier 1976 au transport maritime et a été conçue comme une extension du transport ferroviaire, la tarification appliquée aux voyageurs et aux marchandises conditionnées en palettes étant celle de la SNCF. Un monopole des liaisons maritimes Corse-Continent étant donné aux compagnies SNCM et CMN, filiale de la précédente, dans le cadre de conventions de service public. La SNCM sera d'ailleurs créée à cette occasion par nationalisation de la Compagnie générale transméditerranéenne (CGTM) préexistante, dont la SNCF recevra 25 % du capital.
En 1979, le principe de la continuité territoriale est étendu au transport aérien. Seules sont concernées les lignes dites « bord à bord » entre Marseille, Toulon et Nice d'une part, Ajaccio, Bastia, Calvi et Figari d'autre part. Elle sera étendue ultérieurement aux relations Corse-Paris. Air France et la CCM Airlines, en partage de code, assurent la continuité territoriale aérienne.
En 1982 est créé l’Office des transports de la Région de Corse (OTRC) en application de la loi du 30 juillet 1982 portant statut particulier de la région de Corse. Cet office, qui est un établissement public national est chargé de la gestion des contrats de services publics avec les transporteurs en lieu et place des services de l'État. Il sera substitué en 1991 par l'Office des transports de la Corse (OTC) qui est un établissement public régional rattaché à la Collectivité territoriale de Corse.
La subvention attribuée par l'État au service de la continuité territoriale s'élève pour l'exercice 2005 à 173,968 millions d'euros. Cette subvention constitue la dotation budgétaire de l'OTC.
Dotation de continuité territoriale
Île de la Réunion
Les dispositions d'aide au maintien de la continuité territoriale sont entrées en vigueur à la Réunion au 1 juillet 2005, sur décision du Conseil Régional et malgré le retard pris par l'examen de l'agrément des autorités de l'Union européenne. En raison du caractère limité de la dotation (bien qu'étant la plus élevée de celles accordées aux régions ultramarines), 8 millions d'euros par an, et au vu du cout des transports aériens entre la Réunion et la métropole, le dispositif avait été, dans un premier temps, limité à l'aide aux personnes les plus en difficulté. Entre le 1 juillet et le 11 octobre 2005, seuls 849 dossiers avaient été traités. Le Conseil régional a dès lors décidé d'assouplir les critères d'attribution de l'aide et d'en relever le montant.
D'après la Région, les versements effectués par l'État au titre de l'année 2006 ont été inférieurs au montant prévu et le versement au titre de l'année 2007 n'a pas été réalisé, la Région a suspendu l'application de cette disposition.
Saint-Barthélemy et Saint-Martin
Les îles de Saint-Barthélemy et de Saint-Martin sont devenues chacune une collectivité collectivité d'outre-mer suite au Référendum local du 7 décembre 2003 et par application de la loi n 2007-224 du 21 février 2007, les dispositions sur la continuité territoriale leur sont devenues applicables de façon autonome.
Avant le 15 juillet 2007, c'est la région Guadeloupe qui était chargée de l'application de ce dispositif dans ces îles.
Nouvelle-Calédonie
Plusieurs îles de Nouvelle-Calédonie bénéficient de mesures de continuité territoriale, des compagnies maritimes assurant le transport des passagers et du fret à un tarif homologué par les collectivités locales (provinces) et subventionné.
Le Gouvernement calédonien avait envisagé de limiter la mesure d'aide aux personnes aux citoyens et résidents anciens (mesure de continuité territoriale, financée par l'Etat, mise en oeuvre par la Nouvelle-Calédonie, entre la Nouvelle-Calédonie et la Métropole et concernant le transport aérien). Il y avait renoncé à la suite de recours en justice.
Polynésie française
Le dispositif d'aide à la continuité territoriale est appliqué en Polynésie française depuis le 1 mai 2004. Il est doté de 4,19 millions d'euros annuels. L'objectif est de permettre à 15 000 résidents par an de bénéficier de l'aide. L'aide est réalisée sous la forme d'un pourcentage de près de la moitié du prix du billet d'avion.
La Chambre territoriale des comptes de Polynésie française a noté un dépassement des dépenses sur l'exercice 2004-2007, qui ont atteint 5,86 millions d'euros annuels au lieu des 4,19 millions prévus, alors que nombre de déplacements financés était de 5 000. La chambre a attribué ce dépassement à l'ouverture de l'aide aux déplacements associatifs, ayant créé un « effet d'aubaine ».
L'attribution des aides a été suspendu en mars 2007 pour insuffisance de fonds.
Mayotte
À Mayotte, le dispositif d'aide à la continuité territoriale consiste en une subvention de 30 % du prix du billet d'avion. Ce dispositif fait l'objet de critiques portant sur son montant.
Guadeloupe
En Guadeloupe, le Conseil régional a tranché pour la délivrance, aux bénéficiaires de l'aide, de bons de paiement acceptés par les agents de voyage. Ces bons ont une valeur de de 100, 150 ou 200 €, selon l'âge et la situation du demandeur.
Martinique
La région Martinique a décidé d'un financement à hauteur de 50 % du prix du billet d'avion. Entre la mise en place du service et octobre 2007, 11 millions d'euros ont été utilisés, au profit de plus de 40 600 personnes. Cependant, l'application de la mesure a été suspendue par le Conseil régional en novembre 2007, au motif que l'État n'avait pas, selon le Conseil, effectué tous les versements dus.
Guyane
L'application à la Guyane s'est dans un premier temps heurtée à des limites dans l'organisation. Le Conseil régional s'est déclaré, en juillet 2004, « dans l’impossibilité d’établir des critères non discriminatoires dans la répartition de la dotation ». Il « propose que l'État en assure la gestion, qu'il pourrait confier à des organismes habilités et expérimentés en la matière tels que l'ANT, le CNASEA ou tout autre organisme de son choix. »
Saint-Pierre et Miquelon
La collectivité territoriale de Saint-Pierre et Miquelon a choisi d'attribuer l'aide à la seule condition de résider depuis au moins 5 ans dans l'archipel. Le montant de l'aide varie entre 200 et 290 euros, selon l'âge de la personne et l'île de résidence. Les crédits attribués par l'État ont permis d'attribuer 77 aides en 2004 (le système ayant été mis en place au 1 décembre), 696 en 2005 et 684 en 2006. La Chambre territoriale des comptes notait aussi que l'aide attribuée ne représente qu'une faible part du prix du billet d'avion et, citait la Collectivité territoriale indiquant que contexte local, qui impose le plus souvent deux escales au Canada via des dessertes limitées, restreint la concurrence commerciale qui pourrait contribuer à baisser les prix.
Le sénateur Denis Detcheverry attribue à la faiblesse de la population et au cout très élevé des transports aériens avec la métropole les difficultés de mise en place du système.
Wallis-et-Futuna
Le financement apporté par les mesures d'aide à la continuité territoriale est affecté à la desserte maritime. Outre d'être parmi les cinq priorités définies par la Convention pour le développement économique et social (2003-2004), la continuité territoriale fait aussi partie des huit objectifs définis par la Commission européenne.