Le couvent des Madelonnettes fermé en 1790, fut converti en prison en 1793.
En 1793, face à la recrudescence des emprisonnements, les bâtiments devinrent un lieu de détention pour hommes détenus politiques et de droit commun. Les premiers prisonniers furent incarcérés le 4 avril, sous la direction du commissaire Marino et du concierge Vaubertrand. Le rythme s'accéléra à partir de mai (jusqu'à 47 par jour) conduisant à la surpopulation de cet établissement initialement prévu pour abriter 200 personnes, et qui en compte jusqu'à 319 (le 27 messidor).
S'y mélaient les droits communs, surnommés les "pailleux", détenus au rez-de-chausée, et des personnes de diverses origines généralement mises sous écrou comme "suspects".
Le ton était celui de la bonne société, on improvisait des poèmes, on chantait, on faisait de la musique ou de la gymnastique, sous l'œil de la gardienne, qui tricotait. Malgré tout, le régime y était pénible en raison de l'insalubrité et de l'exiguité des lieux.
Le commissaire Marino interdisait toute sortie dans la cour sous prétexte que la détention n'était que provisoire, dans l'attente d'un transfert vers d'autres lieux. La promiscuité favorisait le développemnt de maladies infectieuses dont la petite vérole qui fit plusieurs victimes
Fin décembre 1793 les détenus politique furent répartis dans les prisons de Port-Libre, de Picpus, de Saint-Lazare etc. et les détenus de droit commun « pailleux »furent envoyés à Bicêtre.
Début 1794, rendue à sa première destination elle devint une prison pour femmes détenues pour crimes, délits où dettes et pour jeunes filles enfermées par voies de correction paternelle. En 1828 les filles publiques de la Petite Force y furent transférées, suivies en 1831 par les détenues de Sainte-Pélagie.
En 1836 les toutes détenues furent transférées à la Petite Roquette et les Madelonnettes devinrent une maison d’arrêt pour hommes succursale de La Force. En 1848 bon nombres d’hommes politiques y firent un séjour. En 1868 la prison fut démolie et remplacée par celle de la Santé.