Ce qui suit dévoile des moments clés de l’intrigue.
L'histoire commence en 2455 au Japon. Un virus destructeur ravage le monde.
Le joueur incarne Hiro Myamoto, un jeune guerrier qui s'entraine dans son dojo : un vieil homme malade arrive et insiste pour lui raconter une histoire à propos de ses ancêtres, de ceux du héros et de ceux du richissime et despotique homme d'affaires Kage Mishima. Il explique que jadis, son oncle a trouvé un remède pour lutter contre ce virus destructeur, malheureusement l'antidote a été volé par un homme : Kage Mishima.
Cet homme est l'ennemi juré des deux autres familles, l'origine en remonte au premier millénaire : jadis, les familles Ebihara (celle du vieil homme) et Mishima étaient opposées dans la lutte pour le pouvoir au Japon. Comme Mishima dominait, brutalement et sans pitié, le chef du clan Ebihara est allé voir Usagi Miyamoto, ancêtre d'Hiro, grand épéiste et forgeron renommé, pour lui demander de lui confectionner l'arme suprême afin de vaincre Mishima. Usagi utilise toute sa science et son énergie pour créer le Daikatana, grande épée renfermant de nombreux secrets magiques, notamment la possibilité d'influer sur l'espace-temps (si son porteur a suffisamment de puissance).
Mishima vaincu par Ebihara, c'est la fin de cette domination brutale... Des siècles plus tard, l'oncle d'Ebihara découvre le remède au virus MMP puis s'intéresse à retrouver le Daikatana. En effet, afin que son pouvoir ne soit plus utilisé, car trop puissant, Usagi Miyamoto l'a jeté dans les entrailles du mont Fuji avant de disparaître. Ebihara retrouve la trace de l'épée mais trop tard : son assistant, qui se révèle être Kage Mishima, l'a précédé. En s'enfuyant il dérobe le Daikatana et emploie ses pouvoirs magiques pour voyager dans le temps et changer le cours de l'histoire à son profit.
À la fin de ce récit, Ebihara demande au héros de retrouver le Daikatana détenu par Mishima, et surtout sa propre fille, Mikiko, disparue pour avoir tenté de s'emparer de l'épée. Le périple se corsera de manière inattendue à la poursuite de Mishima dans différentes époques (Le sombre Japon futuriste du XXII siècle, la Grèce Antique, la Norvège du Moyen-âge et San-Francisco en 2047). Deux acolytes prêtent assistance au joueur : Mikiko Ebihara et Superfly Johnson.