Les écoles sont dirigées par une institution intergouvernementale, le Conseil Supérieur, fondé sur un traité international, la Convention des Écoles Européennes. Le système est financé par les États membres, par une contribution de la Commission européenne et enfin par le revenu des droits de scolarité prévus par les accords spéciaux ou payés par les enfants admis à titre privé.
Le Conseil Supérieur est l'organe de décision des écoles européennes sur les questions pédagogiques, budgétaires et administratives. Il décide de l'orientation et de l'organisation de l'enseignement (des programmes d'études, des horaires, des instructions générales pour choisir des méthodes, des règlements d'examen etc.). Il décide du budget des écoles, sur proposition de chaque Conseil d'Administration de chaque école. Le Conseil Supérieur se réunit au moins trois fois par an : en octobre, pour les affaires courantes; en janvier, pour toutes les questions pédagogiques (réunion élargie); en avril pour le budget et les questions financières. Chaque membre a un vote. Le Conseil Supérieur prend généralement ses décisions à l'unanimité. Composition :
- Membres avec droit de vote :
- Un délégué pour chacun des pays membres (une voix par délégation).
- Un représentant de la Commission.
- Un représentant de l'Office Européen des Brevets (Munich).
- Participants à titre consultatif :
- Le représentant du Conseil Supérieur et son adjoint.
- Les Directeurs des écoles européennes.
- Deux parents délégués par Interparents.
- Deux enseignants.
- Deux élèves représentants du Conseil Supérieur des Elèves.
À la réunion de janvier, assistent également : les inspecteurs des Écoles européennes, deux représentants des parents par association, deux représentants des enseignants par école.
Le Conseil Supérieur est assisté par un Secrétaire général qui prépare ses décisions et les exécute. Entre les sessions du Conseil Supérieur, le Secrétaire général le représente, et préside les réunions des Conseils d'Administration de chaque école européenne.
Les décisions du Conseil Supérieur sont d’abord examinées par l’un de ses sous-groupes :
- Le Comité Administratif et Financier
- Les Conseils d’Inspection
- Les Comités pédagogiques
Les Associations de Parents jouent un rôle particulier dans ces institutions car outre la représentation des intérêts des parents, elles gèrent certains services comme les cantines, les transports scolaires et les activités péri-scolaires. Les Associations de Parents se regroupent dans une structure commune, INTERPARENTS, qui délègue ses représentants dans les différents groupes et au Conseil Supérieur.
Les enseignants et le personnel administratif, ainsi que les élèves, élisent chaque année leurs délégués pour les représenter au Conseil Supérieur et aux Comités.