L'EPFL possède sept facultés, elles-mêmes divisées en instituts et laboratoires :
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Faculté des sciences de base (SB) : mathématiques, physique et chimie
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Section de chimie et génie chimique (SCGC)
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Section de mathématiques (SMA)
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Section de physique (SPH)
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Institut de mathématiques des sciences computationnelles et ingénierie (MATHICSE)
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Institut d'analyse et de calcul scientifique (IACS)
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Institut de géométrie, algèbre et topologie (IGAT)
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Institut de mathématiques (IMA)
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Institut de mathématiques B (IMB)
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Institut des sciences et ingénierie chimiques (ISIC)
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Institut de physique de l'énergie et des particules (IPEP)
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Institut de physique de la matière condensée (ICMP)
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Institut de physique des systèmes biologiques (IPSB)
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Institut romand de recherche numérique en physique des matériaux (IRRMA)
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Institut de théorie des phénomènes physiques (ITP)
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Centre européen de calcul atomique et moléculaire (CECAM)
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Centre interfacultaire Bernoulli (CIB)
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Centre interdisciplinaire de microscopie électronique (CIME)
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Centre de recherches en physique des plasmas (CRPP)
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PRN Photonique quantique (PRN-QP)
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Faculté des Sciences et techniques de l'ingénieur (STI) : génie mécanique, science des matériaux, électronique et microtechniques
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Section de génie mécanique (SGM)
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Section de science et génie des matériaux (SMX)
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Section de génie électrique et électronique (SEL)
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Section de microtechnique (SMT)
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Institut interfacultaire de Bioingénierie (STI/SV) (IBI2)
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Institut de génie électrique et électronique (IEL)
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Institut de génie mécanique (IGM)
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Institut de microtechnique (IMT)
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Institut des matériaux (IMX)
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Centre inter-institutionnel de biomécanique translationnelle (CBT)
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Centre de compétence Sciences des matériaux et technologie du CEPF - Leading House EPFL (CCMX)
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Centre de MicroNanoTechnologie (CMI)
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Centre pour les neuroprothèses (CPN)
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Centre de technologies spatiales (CTS)
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Faculté de l'environnement naturel, architectural et construit (ENAC) : architecture, génie civil, sciences et ingénierie de l'environnement
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Section d'architecture (SAR)
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Section de génie civil (SGC)
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Section des sciences et ingénierie de l'environnement (SSIE)
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Institut d'architecture et de la ville (IA)
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Institut d'ingénierie civile (IIC)
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Institut de l'urbain et des territoires (INTER)
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Institut d'ingénierie de l'environnement (IIE)
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Faculté informatique et communications (IC) : informatique et télécommunications
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Section d'informatique (SIN)
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Section des systèmes de communication (SSC)
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Institut d'informatique fondamentale (IIF)
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Institut des systèmes informatiques et multimédias (ISIM)
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Institut de systèmes de communication (ISC)
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PRN Systèmes mobiles d'information et de communication (MICS)
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Centre Systèmes digitaux avancés (CSDA)
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Centre Traitement d'information neuronale (CTIN)
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Centre Global computing (CGC)
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Faculté des sciences de la vie (SV) : sciences de la vie)
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Section des sciences de la vie (SSV)
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Institut des neurosciences (BMI)
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Institut interfacultaire de Bioingénierie (SV/STI) (IBI1)
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Institut suisse de recherche expérimentale sur le cancer (ISREC)
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Institut de recherche en infectiologie (GHI)
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Centre technologique en neurosciences (CNT)
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Centre d'application du vivant (CAV)
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PRN Oncologie moléculaire (PRN-MO)
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Collège du management de la technologie (CDM) : management
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Section du management de la technologie (MTE)
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Section de l'ingénierie financière (IF)
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Institut de management de la technologie et entrepreneuriat (MTEI)
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Institut de politique de technologies (TPI)
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Institut suisse de la finance à l'EPFL (SFI)
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Centre de management de la technologie EPFL-UNIL (CMT)
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Collège des humanités (CDH) : sciences humaines et sociales
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Programme d'enseignement des sciences humaines et sociales (SHS)