La première citation de l’existence de l’abbaye Saint-Clément remonte à 1099. Primitivement implantée au Sablon, l’abbaye fut détruite lors du siège de Metz de 1552.
Un édit du roi Charles IX passé à Saint-Germain-en-Laye le 13 août 1561 oblige les habitants d'un quartier de la ville à vendre leurs maisons pour construire l'église. Mais ce projet n'aboutit pas et les bénédictins s'installent dans une ancienne hôtellerie en 1565.
Enfin les travaux purent commencer dans l’enceinte de la ville en 1668. En 1693 on put mettre les stalles dans le chœur. À cette date les quatre premières travées adjacentes de la nef sont voûtées tandis que les quatre travées « occidentales » ne sont élevées que jusqu'à la hauteur des fenêtres.
La construction de l'église a duré de 1680 à 1737. C'est l’architecte italien Jean Spinga ou Giovanni Spinga (1641-1724), né dans le diocèse de Novare, qui a construit l'église hormis la façade.
L’église présente une étonnante synthèse des styles néogothique et baroque. L’intérieur comprend en effet des colonnes à chapiteaux composites supportant trois nefs d’égale hauteur voûtée par des croisées d’ogives. La poussée des voûtes est reprise sur les façades latérales par de larges contreforts correspondant à chaque travée, à la manière de la structure externe à arcs-boutants qui stabilisent les églises gothiques. Le chœur est flanqué de deux tours.
Fait étrange, l’ogive de l’église est exposée dans le village de Retonfey, rue du Château. Le cloître de style classique possède un puit ornée des Quatre Vertus cardinales : la Force, la Prudence, la Tempérance et la Justice.
En 1715, l'évêque de Metz, Henri-Charles de Coislin, posa la première pierre de la façade. En 1729 un texte nous apprend qu'elle était élevée « jusqu'à la hauteur sous la corniche du premier ordre d'architecture ». La construction était édifiée sous la direction des architectes messins Louis et Barlet qui ont aussi réalisé la façade de l'église Saint-Vincent. La façade a été achevée en 1737.
Après avoir abrité une communauté bénédictine, l’abbaye est transformée en 1855 en collège tenu par les jésuites, qui accueillit entre autres Ferdinand Foch. Elle le restera jusqu’en 1970 avec une interruption de 1870 à 1918 et de 1940 à 1945, date à laquelle les jésuites vendent l’ensemble.
Depuis 1983, l’abbaye restaurée est le siège du conseil régional de Lorraine et sert d’hôtel de Région. La fontaine, place Hocquard, symbolise les quatre départements lorrains : pierre de Jaumont pour la Moselle, calcaire gris pour la Meuse et la Meurthe-et-Moselle, grès rose pour les Vosges.
