L'enseignement agricole dépend du ministère de l'Agriculture, qui dispose d'une Direction générale de l'enseignement et de la recherche.
Le ministre est conseillé, en la matière, par le Conseil national de l'enseignement agricole et, pour le supérieur, par le Conseil national de l’enseignement supérieur et de la recherche agricole, agroalimentaire et vétérinaire. Le Conseil national de l'enseignement agricole est représenté par un membre au sein du Conseil supérieur de l'éducation.
Au niveau régional, le ministère est représenté par les Directions régionales de l'Alimentation, de l'Agriculture et de la Forêt.
Le directeur régional de l'Alimentation, de l'Agriculture et de la Forêt exerce à la fois, en matière d'enseignement agricole, les attributions des recteurs d'académie et des inspecteurs d'académie pour l'enseignement non-agricole.