C'est en 1945 que John Cockcroft a reçu la mission de créer un laboratoire de recherche pour promouvoir l'utilisation de la fission nucléaire à la fois pour les besoins militaire et civil. C'est le site de la Royal Air Force de Harwell qui a été choisi, il se trouve à environ 25 km au sud de Oxford à côté de Didcot et du village de Harwell. L'établissement a été ouvert le 1 janvier 1946.
Les premiers laboratoires comprenaient les spécialités suivantes : Chimie, Physique, Physique nucléaire, Physique des réacteurs, Physique théorique, Isotopes, Les directeurs après Cockcroft ont été Basil Schonland, Arthur Vick et Walter Marshall.